采集的新鲜毒液可在冰箱中的冷冻层（0℃～4℃）中储存5～6小时；若超过6小时的应放在冰冻层（－24℃～0℃）中储存。但是，如果要长期保存蝎毒的生理活性，最好的办法是冻成干粉。
一般情况下，影响蝎毒生理活性的主要因素是温度、水分和空气。因此，毒粉不但要充分干燥，还要尽可能地减少水分，而且应密封低温保存。具体方法是：按一定的重量单位分装于安瓿瓶或西林瓶中，分别用熔封和铝盖石蜡封口，以隔绝空气，然后置于低温冰箱中保存。
