高良姜因其含有挥发油，应贮藏于干燥、凉爽处。存放温度在30℃以下，相对湿度控制在70％～75％。商品安全水分为10％～13％。
高良姜的芳香辛辣气味可防虫，故虫蛀现象较少，但在潮湿环境中易被虫蛀、受潮霉变。常见的仓库害虫有药材甲、烟草甲、褐粉蠹、黑毛皮蠹、暗褐郭公虫等，被蛀蚀的药材表面可见蛀孔，包装外现棕红色蛀末。因此，应保持仓库干燥、清洁，经常清除灰尘、杂物，定期进行消毒。发现轻度吸潮、虫蛀或长霉，应立即外移晾晒、翻垛通风。虫情严重时用溴甲烷、磷化铝熏杀。将仓库密闭，抽去氧气，填回氮气进行贮藏。
如发现药材已受潮，可在阳光下晾晒，或用水将霉洗净后晾晒。但不宜经常晾晒，以免挥发油散失，表面干缩，色泽暗淡，影响其质量。