苍术一般用麻袋包装，每件50千克左右，亦有用瓦楞纸箱装的。应贮于阴凉干燥处，温度30℃以下，相对湿度70％～75％。商品安全水分12％～14％。炮制品应贮于干燥容器内，制苍术、焦苍术、麸炒苍术等均宜密闭，置阴凉干燥处，注意防潮、防泛油。
本品香气较浓，虫蛀较少见，但若贮存时间较长或温度过高，易散味；受潮则生霉、泛油。染霉品表面可见白色毛状物，但应注意与断面有时出现的白色细针状结晶（油室析出的苍术醇，俗称起霜）有所鉴别。泛油时表面不明显，内部颜色加深，有油状物，须剖开后观察。贮藏期间要严格控制库房温湿度；定期检查，发现吸潮或轻度霉变、虫蛀，应及时晾晒；虫情严重时，可用磷化铝熏蒸。每年应进行一次密封抽氧充氮养护。