玉竹一般用麻袋包装，每件40千克。贮存于通风、干燥处，适宜温度30℃以下，相对湿度70％～75％。商品安全水分12％～15％。本品易虫蛀、生霉、泛油。吸潮品返软，可对弯折，断面角质光泽暗淡，两端折断面及擦伤处可见霉斑。泛油品手摸感黏腻，表面似有糖质，颜色变为不透明的暗棕色，严重时全体呈黑色。
贮藏期间要适时通风、翻垛、除湿、降温；高温高湿季节应将商品与无水氯化钙、生石灰、木炭等吸潮剂同置密封堆垛或容器内；初霉泛油品，可用明矾水洗净，并迅速烘干或晾干，冷却后再密封保藏；虫情严重的可用磷化铝熏杀，有条件的地方可进行抽氧充氮养护。