白芷外形图如图11所示，其因产地和播种时间不同，收获期各异。采收过早，植株尚在生长，地上部分营养仍在不断向地下根部蓄积，糖分也在不断转化为淀粉，影响产量和质量；采收过迟，如果气候适宜，又会萌发新芽，消耗根部营养，同时淀粉也会向糖分转化，使根部粉性变差，也会影响到产量和质量。
因此，一般春播白芷当年采收，秋播白芷第2年采收，以地上部分茎叶变黄枯萎为标志。一般每亩地可收干货300～400千克，高产的可达500千克左右。采收宜选择晴天进行，先割去地上茎叶，然后将根刨出，抖落泥土；或在畦旁挖沟约33厘米深，由侧面取根，则不致损伤根部。去除多余须根和根头残留的茎叶，按如下方法进行加工：
（1）晒干法。新采收的白芷可平铺于席上，置于阳光下晾晒1～2天（也可选泥地，但不宜在水泥地上晒），再按大、中、小分级晾晒；晒时要勤翻，切忌雨淋，遭雨则易霉烂或黑心，降低品质。每晚要收回摊放，以防露水打湿。
（2）熏硫法。白芷含淀粉多，不易干燥，如遇连续阴雨，不能及时干燥，会引起腐烂。因此，可采用熏硫方法：①收后遇阴雨，去泥即熏；②晒软后遇阴雨或被雨淋湿，应立即熏；③大白芷应熏透后再晒。
这种方法通常用烘炕熏。入熏室时，大根装中间，中根置周围，鲜根放底层，已晒软的放上层，并用草席或麻袋盖严。每1 000千克鲜白芷，用硫磺10千克左右。熏时，要不断加入硫磺，不可熄火断烟，并要少跑烟，熏透为止。一般小根熏1昼夜，大根3天即可熏透（通常取样检查，可用小刀顺切成两块，并在切口断面涂碘酒，凡呈蓝色而很快消失的，表示硫已熏透，可熄火停熏）。熏后立即晾晒至干。如遇雨天，可摊晾于通风干燥处，待晴天晒干或用无烟煤炕干。
小量烘炕时，大根放中央，小根放四周，头部向下，尾部向上（不能横放），火力适中，半干时翻动1次，将较湿的放中央，较干的放周围，炕干为止。大量烘炕可用炕房，大根放下层，中根放中层，小根放上层，支根放顶层，每层厚5~6厘米。烘烤温度控制在60℃左右；要防止炕焦、炕枯。每天翻动1次，6～7天全干。