牡蛎的加工方法很多，如晒牡蛎干、盐渍、制罐头及提炼蚝油等，壳可煅烧成贝壳石灰。牡蛎干的加工可分为鲜干和熟干两种。
（1）鲜干。它是把鲜蛎肉平铺在竹箔上进行晾晒或烘干而成的；初晒时每隔1～2小时翻动一次，以免粘贴在竹箔上，一天后稍干便可用竹片在蛎肉闭壳肌前方穿孔，用绳一圈或一排地串起来，每圈（排）20～30个蛎肉，再晒3～5天，便成鲜晒蛎干。鲜晒蛎干必须在日烈风干的冬季进行。春节过后，空气湿度较大不易晒干，即使晒干质量也欠佳。烘干往往是在烘室内进行，室温一般控制在80℃~85℃。
（2）熟干。加工前应将锅、锅盖、锅铲、搅拌器及竹筛等工具洗擦干净，所需的柴、油、盐、糖等备足。熟干一般要经过淡煮、咸煮和晒干三道工序。①淡煮：在抹上生油的锅里，加入鲜蛎肉量约20％～25％的淡水，煮沸后加进鲜蛎肉，用锅铲搅拌均匀，猛火再煮。每隔5～6分钟搅拌一次，以防粘锅。煮30～32分钟（八成熟）后便可退火，用捞筛将蛎肉捞起。起捞时将筛在蛎汤中左右摇晃，洗去杂质和污物，切勿弄破蛎肉，然后用网袋反复清除汤中的杂质。并将汤取出一半，再添进清水保持适当的浓度，继续煮第二锅蛎肉，如此反复进行。②咸煮：每锅取含盐量16％～20％、经煮溶后的咸汤65～75千克，煮沸后，放入淡煮的蛎肉，加以搅拌。沸腾时继续搅拌2～3次，让蛎肉受热均匀。一般下锅煮6～8分钟，蛎肉变硬，有弹性，从软体部折断，稍压后没有黏液流出，说明蛎肉已熟透，可将蛎肉捞起。第二锅以后，每煮100千克淡蛎肉，再添加1．5～2．6千克食盐。③晒干：将咸煮的蛎肉沥干水分后在竹帘上晾晒，并及时摘除粘着蛎肉上的余壳，初晒时每隔1~1．5小时翻动一次。同时将大小不一的蛎肉按等级分开。天气晴朗时晒2～3．5天，直到蛎肉变硬外套膜碰之易破为止。在阴雨时节不能晒干时，可用烘干室烘干。
熟干牡蛎的加工还要注意以下几点：夜间煮的蛎肉应分散在竹帘上，不要重叠，否则会变质发出酸味；个体较大而又不熟的要回锅再煮，否则包装后容易生虫，影响质量；若遇阴天蛎肉发霉时，待其干后再用水煮沸5～6分钟，用捞筛洗涤，晒干后仍能保持原来的质量。