食用菌在盐渍过程中或贮藏时间较长时，经常出现以下几种情况：
（1）盐液上出现醭膜或菌花。醭膜是灰白色或乳黄色，具有皱纹的膜状物，浮在盐液面上，而菌花是乳白色而光滑的膜状物。它们是由好气性、抗盐耐酸的酵母菌生长繁殖所产生的，对盐水菇的品质有不良影响。其主要的防治方法是：①加满盐水，盖紧盖子，隔绝空气，造成无氧状态，抑制不良菌的生长。②盐水咸度提高到22波美度以上，pH值降至2.5以下或加入0.1％的苯甲酸或苯甲酸钠。
（2）上层菇体腐烂发臭。这是由于菇体露出液面，接触空气，细菌生长繁殖，分解菇体营养而产生硫醇、硫化氢等有毒气体，产生恶臭。其主要的防治方法是：不让菇体浮出液面，用盖子压住。
（3）菇体慢慢变黑。是由杀青不彻底，菇体没煮熟，菇体内的酶没有完全被破坏，使蛋白质水解成氨基酸，其中的酪氨酸在酪氨酸酶的作用下，氧化生成黑蛋白或氨基酸与还原糖反应造成的。其主要的防治方法是：①杀青要彻底，菇体煮到熟而不烂。②装桶时加入04％柠檬酸，可使菇体恢复淡黄色。
（4）菇体变蜡黄色、盐液浑浊、发酸变味。这是由于盐渍时盐液浓度太低，乳酸菌进行发酵，分解菇体造成的。其主要的防治方法是：注意检查咸度。