采用床架式栽培鸡腿菇时，单位面积栽培空间内菌床铺放集中、菇体发生量大，所以对菇房的性能和结构要求都比较高。总的要求是保温、保湿性要强，通风换气条件要好，房内小气候要相对稳定，受外界气候影响要小，菇房内外环境卫生，污染源少，净化消毒容易；床架结实牢固，易于拼拆、清洗和消毒。按照这一基本要求原则，菇房类型既可采用标准菇房、普通菇房、土墙菇房，也可采用塑料大棚、半地下式菇房以及地下式菇房。
为防止杂菌污染和病虫危害，菇房使用前必须预先消毒，特别是连续栽培几年的老菇房，更应加强。
（1）彻底清扫栽培场所和清洗用具，这一工作对老菇房尤其重要。①前茬菇栽培结束后，要抓紧时间将废弃的培养料及时清除，搬运至运离菇房处堆放，并将菇房的门窗打开，进行通风。②能拆开的床架全部拆开，洗刷干净后放在太阳下曝晒3～4天。③菇房腾空后进行全面清扫，墙壁、地面都要冲洗和打扫得干干净净，地面和墙角处，可用5％的漂白粉溶液冲刷。
（2）消毒。一般采用熏蒸消毒或喷雾消毒。熏蒸法主要用于密封程度较好的菇房，如菇房密封程度较差，可采用喷雾消毒法。
熏蒸消毒常用药剂有甲醛、高锰酸钾、硫磺粉、敌敌畏等，每立方米空间用药量为40％甲醛（福尔马林）10毫升，高锰酸钾5克，硫磺粉10克，80％敌敌畏2～3毫升。由于各类菇虏的密封程度的不同，在实际使用时可根据具体情况适当增减。这几种药剂的熏蒸组合一般有4种，即甲醛，或甲醛+高锰酸钾，或甲醛+硫磺，或甲醛+硫磺+高锰酸钾，敌敌畏视具体情况可加可不加。操作时要注意：①熏蒸前，把灯头和铁制器具移出菇房或刚薄膜包严，以防药气锈蚀。②用喷雾器喷水把整个菇房内部全部喷湿，以提高消毒效果。③封闭好门窗和拔风筒，只留一扇门供出入。④在房内选择几处放药位置，不同药剂要错开放置，要既合理又安全，以利药味均匀扩散。⑤放药时要有防护意识和措施，然后自里向外，边放药边退出。⑥将门关闭，密封熏蒸24～48小时后通风换气。
喷雾消毒常用的药剂有2％的甲醛液、1％～5％的漂白粉液、0．1％～0．5％的多菌灵液、80％的敌敌畏500～1000倍液、（50~300）×10-6的碘福溶液或波尔多液等。上述药物最好多种交叉使用，以增强杀菌消毒效果。操作时要注意：①喷洒时，菇房的地面、墙壁、房顶、床架正反面以及房内空间均要喷雾消毒。②在实施喷雾消毒时，要注意加强安全防护。
二次发酵法的室内后发酵或室外床式后发酵阶段，在培养料进房前3～4天，必须对空菇房进行一次消毒，进料后就不必再消毒了；而采用常规一次发酵料和室外堆式后发酵料栽培的菇房，在预先对空菇房消毒处理的基础上，培养料进房后还需对菇房及培养料再进行一次消毒，以使菇房和培养料中的病虫基数减到最低限度。这次消毒时不能使用硫磺，但最好增加敌敌畏或二嗪农等杀虫剂，以增强杀虫效果。