（1）堆温上升慢、升不高。造成这种状况的原因有：①堆料偏干或偏湿，微生物活动受阻，造成堆温不高。②原料质地较差，如草料是受潮或被雨淋霉变后再晒干的、粪肥是发酵发热后晒干的或粪肥中含有大量泥沙等杂质，这样的原料生物热低，建堆后堆温很难上升。③堆料季节太迟，气温较低，堆形较小，选场不好，料堆横腰面对风向等都会导致堆温不易上升。
解决办法：①料偏干时，先在料堆上打洞灌水，若不见效，及时翻堆补足水分（最好是粪肥水），翻堆后覆盖好料堆，防止风吹日晒；料偏湿时，应在料堆上多打透气洞、及早翻堆摊晒或翻堆时加入少量粉碎的干粪草，重建料堆时要多设置透气孔道或缩小堆宽、拉长堆长，增加水分蒸发面积。②粪草热劲差的，前期可在翻堆时补充一些优质粪草，并利用盖膜进行日光增温，后期则可改用二次发酵技术。③堆料期间气温低，翻堆后可加宽增高堆形，在保持透气的前提下，料堆尽量踩紧，并采用塑料薄膜覆盖，利用日光增温；走向不理想的料堆，在翻堆时要改向；多风地区，料堆要加强覆盖保温，并设置挡风屏障。
（2）培养料粘臭、发黑。这种现象的主要原因是培养料太湿，特别是粪肥太湿，造成料堆内通气不良，微生物厌气发酵，堆温较低，料堆不能出现白化。
解决办法：①及早翻堆摊晒，抖松草料，散去多余水分，剔除粘臭、发黑的粪草，补充一些优质粪草，增大石膏及石灰用量。②重建料堆不要踩实，要多设置透气孔道，并多加覆盖物，提高保温增温能力。③料堆建好后切忌雨淋，并适当增加翻堆次数。
（3）白化状烧堆。白化现象是在发酵过程中料堆中层出现成片雪白色斑点，是堆温较高的象征，是好现象。但如果白化现象比例太大，几乎遍布整堆，出现白化状烧堆，此时培养料严重缺水，变得干燥易碎，养分被过多地转化为热能，肥耗大，若不及时处理会导致减产。白化状烧堆现象的主要原因是由于料堆温度高，持续时间长，翻堆偏迟等。
解决办法：①及时翻堆，打散白化料，调水补湿后均匀拌入料堆各个部位，重新建堆，并把握好翻堆时机。②如果是发酵后期出现烧堆，在进房前也应加水（最好用凉开水）调湿，再播种，才能使菌种萌发定植。
（4）培养料偏生或过熟。该现象主要是堆料时间控制不当造成的。料偏生，对鸡腿菇菌丝定植带来困难，还会引起发菌期料温上升；料过熟，会造成肥效下降，透气不良，物理性状差，后发酵升温低，从而导致减产。
解决办法：①应灵活掌握培养料发酵规定的时间。料偏生，发酵时间要延长；如果堆制过早，一时不能安排播种，可将堆料摊开晒干，中止发酵，待使用时重新建堆发酵；如培养料腐熟快，应提早中止发酵。②发酵好的料若不能及时播种，可将大堆料改为小堆料。③降温散热后的发酵料播种时若湿度不够，要用凉开水或消毒水调湿再用。④过熟料栽培时，铺料不能过厚过实，产菇期应注意追施肥水。
（5）料堆生蛆和长出杂菇。一般堆料底部含水量较大而温度低，易生蛆虫，这些蛆虫或卵多是粪肥带进去的。有时料堆上会长出一些小杂菇，多为鬼伞。
解决办法：①堆料前严格进行粪肥处理。②发现蛆虫，可在翻堆时用敌敌畏100倍液喷洒带有蛆虫的培养料，并将带有蛆虫的料翻到料堆中部，翻堆后用薄膜覆盖熏闷2天，即可杀死蛆虫及虫卵。
③发现杂菇应立即连根拔掉，并集中处理。④在翻堆时，将长过杂菇的外层培养料取出另放，经调好水分后，在重新建堆时翻到中部高温区，利用堆温杀灭。
（6）培养料氨味重。氮肥使用量偏大或含氮化肥加入时间偏迟会使得培养料氨味重。
解决办法：在第二、第三次翻堆时，喷1％～2％过磷酸钙液，也可用2％的甲醛溶液在翻堆后的堆料表面连续喷洒处理几次，即可消除。