堆温是微生物繁殖活动、分解培养料内释放出来的热量，鸡腿菇培养料翻堆的时间要根据堆温的变化来确定，堆温由高转低之时为翻堆的适期。翻堆的次数则取决于培养料的腐熟速度，腐熟速度快，翻堆次数可少些，反之次数要多。
每次翻堆的时间间隔随着培养料的逐渐腐熟而相应缩短。如堆温上不去或超过太高，建堆或翻堆后突遭暴雨袭击，有可能影响发酵时，都应及时翻堆，检查并排除隐患。
（1）第一次翻堆。正常情况下，培养料堆好后，次日堆温便开始上升，2～3天后，堆温可达70℃～75℃或更高，6天左右堆温下降，即可进行第一次翻堆。如果建堆2~3天后，料堆局部没有雾状水蒸气冒出，这说明堆温过低，培养料太干，应适当浇水；若建堆后5～6天，堆温仍上不去，仅在50℃～60℃之间，说明料堆内发酵不良，应提早翻堆，查明原因，采取相应补救措施。
通常第一次翻堆时要浇足水分，培养料养分足可浇清水，养分不足可浇粪肥水。浇水的方法和要求是：翻堆前1天，可在料堆顶上先部分浇水，翻堆时再浇部分水。翻堆后料堆基部四周有少量水流出，手握堆料能捏出几滴水。这次翻堆可把含氮化肥和石膏粉等辅料均匀地分层撒入，添加方式是边翻边撒。重建后，堆宽收缩20厘米左右，堆高不变。
（2）第二次翻堆。第一次翻堆后1～2天堆温开始迅速上升，5天左右堆温升到最高点后，开始逐渐下降，此时应进行第二次翻堆，此次翻堆后的堆温也要求能升到70℃左右。
第二次翻堆时，粪草已开始变软，易吸收水分，因此加水必须十分注意，如加水过多，会使料堆变粘、变黑，降低堆温。除个别干的地方和四周的料需要浇少量水外，一般不用浇水。此时堆温高，翻拌的粪草表面水分蒸发快，表面看来似乎偏干而易造成用水过重，使得中下层部分粪草发黑、发粘。水分调节适度的标准是，用手紧握一把料，指缝间能滴下2～3滴水即可。翻堆后要注意防止淋雨。第二次翻堆时还要把过磷酸钙、草木灰全部加入；要根据料堆的紧实程度，开始加强料堆的通风透气措施，如设置通气管道，料堆两侧打透气孔等。重建料堆的堆形不变，高度不变，宽度再收缩30厘米左右，长度随之改变。
（3）第三次翻堆。第三次翻堆一般在第二次翻堆后的第四天进行。这次翻堆要进一步把粪草抖松，不能拍压，提高料堆的通气性，促进发酵。
翻堆时要着重调节好进房时所需要的含水量和酸碱度。含水量的标准是：用手紧握一把料，指缝间有水溢出而不滴下或只滴下1滴为宜。料堆要呈微碱性，pH值在7．5～8。如果堆料偏酸偏湿，要翻开晾晒，散发多余水分，并边翻边加入占量石灰粉；若堆料偏酸偏干，可随翻料喷洒pH值为8．5左右的石灰水进行调节；如料中氨气过重，可结合料堆含水量用过磷酸钙溶液喷洒中和或用过磷酸钙粉均匀撒入料内。翻堆时还应用药剂对料堆进行处理，以减少病虫危害。翻堆后要切忌雨淋。重建料堆的堆宽收缩到1．6～1．8米，高度降至1．2米左右，长度随之改变。重新建堆后2~3天即可拆堆进房。