翻堆是将堆制发酵中的培养料抖松、翻动与拌匀，再重新建堆的过程，是保证堆制成功的关键性措施。通过翻堆，可以：①排除料堆发酵时产生的废气，增加新鲜空气。②检查和调节粪草的水分、pH值，加入辅料。③改善料堆各部位空气、水分、温度等发酵条件，促使培养料发酵均匀。④促使料温再度升高，满足微生物繁殖活动的需求，促进培养料分解、转化、腐熟一致。
通常有横翻堆和直翻堆两种翻堆方法，如图5所示。
图5翻堆示意图
（1）横翻堆也叫侧边翻或侧面翻，就是按照堆长的方向，将整个料堆从一侧翻到另一侧，使料堆重换一个位置。此法可充分利用劳力，缩短翻堆时间，料内热量损失少，但需要的堆料场地大，要防止人多手杂，体力不同，造成重建料堆厚薄不匀，堆形变化大的情况。
（2）直翻堆又叫顶头翻，就是按照堆宽的方向，从料堆的一头，一部分一部分地逐渐翻拌，再建堆。此法翻拌较均匀，但翻堆时间较长，适用于堆料场地小、劳力缺乏的栽培户。
一般来说，第一次和第二次翻堆采用横翻堆，以后采用直翻堆。