袋栽草菇的栽培培养料虽然经过了消毒灭菌，病虫害较其他栽培模式明显减少，但在草菇栽培过程中的高温、高湿环境，使病虫害极易发生和蔓延。同时草菇的生活周期极短，而化学药剂的残效期长，况且草菇菌丝对农药极为敏感，所以现在大多数的农药，应绝对禁止在草菇上使用，以免危害草菇的生长和影响消费者健康。因此，草菇病虫害的防治，要采取以防为主，综合防治的方针。
根据具体情况，采用农业防治、生态防治、生物防治、物理防治等各种措施，在各个栽培管理的技术环节上，杜绝或减少病虫入侵的途径和机会，创造一个有利于草菇生长发育而不利于病菌、害虫繁殖的生态条件，将病虫危害降到最低限度，
1）选用优良菌种。一是要求种性好，具有高产、优质、抗逆性强的特点。二是对菌株的生物学特性要清楚。制种者、栽培者必须了解所用菌株的菌丝和子实体生长的适温范围、栽培要点、菇体形态特征、加工性状等特性。三是菌丝生长势强，纯度高，无病虫感染。四是菌龄适宜，严格淘汰老化、退化的菌种。
2）阻断病虫入侵途径。一是培养料新鲜无霉变，常压蒸汽灭菌要彻底。二是搞好培养和出菇场所及周围环境卫生。培养室、出菇场所在使用前要干净，并用甲醛或硫黄密闭熏蒸24小时。出菇场地可以在地面直接撒施石灰粉，或石灰粉与漂白粉混合的粉剂，进行消毒处理。三是有条件的菇棚，要安装纱门、纱窗以防止昆虫进入。四是老菇棚、菇房在使用前必须进行1次全面的清理和消毒工作，以杀灭潜藏于床架、地面、墙壁缝隙等处的病菌、害虫和螨类，床架可用清水，或5％石灰水，或10％漂白粉水冲洗，也可用5波美度石硫合剂涂刷，菇房地面在使用前应铲去旧表土，填换新土，并撒一层石灰粉，菇房墙壁可分别喷0BF．BFQ2％敌敌畏乳油溶液和5％石灰水以除虫防病。
3）创造适合草菇生长的环境。在适宜条件下，草菇生长发育正常，可大大减少病菌和发生的机会。特别要做好草菇生长的温、湿、酸碱度及通风的控制，创造一个有利于草菇生长的环境，促进草菇正常生长发育，从而减少病虫害的发生。