草菇的生理性病害是由于草菇菌丝体和子实体生长和发育过程中，遇到培养料含水量不适宜，空气相对湿度过高、过低，温度不适宜，通风换气不良，二氧化碳等有害气体大量累积，农药、生长调节物质使用不当等不良的环境和栽培措施，都会造成其生理过程发生障碍，发生菌丝体、子实体的各种异常，如菌丝徒长、不吃料、结块、菇蕾萎缩、脐状菇等。这类病害一般是不会传染的，一旦环境改善，病害症状不再继续，基本能恢复正常状态。
生理性病害都是由于草菇在生长发育过程中管理不善引起的，只要不良因素及时地得到控制，草菇即可恢复正常的生长。因此，这类病害的防治是加强管理。防治方法主要如下：
1）控制好温度。草菇出菇阶段所需要的温度条件比菌丝体生长阶段稍低。一般料温维持在30℃～35℃，室温28℃～32℃为宜。
2）调节好湿度。培养料含水量保持65％～70％，空气相对湿度保持90％左右为好。当温度过高或培养料偏干时，应及时喷水，但不宜向培养料或菌蕾喷重水，更不宜用与气温温差过大的水直接喷洒，以防止菌蕾积水烂菇，或因温差过大造成死菇。
3）加强通风换气。室外栽培的可通过揭开草帘或薄膜进行通风换气。室内栽培的，通风换气要与喷水增湿结合进行，通风前，先向地面、空间喷雾，然后通风。通风的时间，视天气变化而定，气温低时，要在中午进行，气温高时要在早晚进行。
4）提供光照。出菇期要提供一定散射光，光照强度一般以在菇房内能阅读报纸为宜。如果菇房光照不足，应装日光灯来补充光线。
5）调节pH值。草菇播种后，培养料的pH值有由碱变酸的趋势，因此，应结合喷水，在每潮菇采收后用pH值为9的石灰水喷洒，使pH值能符合草菇生长的要求。