菇蚊、菇蝇类以幼虫取食草菇菌丝，导致菌丝死亡，蛀食草菇的子实体，严重时将菌柄蛀成空洞，菌盖的菌褶被吃光，而且排有粪便，被害菇完全失去商品价值。造成的危害：一是取食草菇菌丝，使菌筒菌丝消失。二是带入杂菌，使菌筒污染，造成栽培失败。三是取食草菇子实体，影响产品质量。
由于草菇菌丝和子实体对农药极为敏感，而幼虫钻蛀到子实体、培养料内为害，药剂也很难接触到虫体，同时考虑消费者的健康，生产上尽量不用药物进行防治。因此，对此类害虫只能是采取措施进行预防。防治方法主要如下：
1）做好环境卫生，杜绝虫源。要清洁草菇的培养室、菇棚周围的环境，同时用80％敌敌畏乳油500～800倍液、拟除虫菊酯类杀虫剂，如速灭杀丁等喷雾，尤其是菇蚊、菇蝇等害虫的集居处如臭水沟、垃圾堆应作为喷洒的重点。防治时最好是统一时间处理，效果更佳。
2）采完一批菇后要及时清理菌袋及地面上的残菇、死菇等防止成虫在这些地方产卵。
3）在菇棚中用高压静电灭虫灯等诱虫灯进行诱杀。
4）在培养场所和菇棚中采用点蚊香的办法对这类害虫的成虫进行驱除，减少培养和出菇场所的虫口基数，减少为害。