在草菇菌种生产上，常见的真菌有木霉、青霉、曲霉、链孢霉、毛霉和根霉等。
1）木霉。木霉又名绿霉，在自然界中分布广，寄主多，致病力强。木霉侵入后，先产生白色的菌丝，也叫霉层，过4～5天后白色的菌丝即出现浅绿色的粉状物，原来的霉层迅速扩大并不断产生新的霉层，扩展很快，特别在高温、高湿的条件下，几天内整个料面就会被木霉菌所覆盖。木霉侵染寄主后，与寄主争夺养分和空间，还分泌毒素杀伤、杀死寄主，同时把寄主的菌丝缠绕、切断。在温度25℃～30℃、空气相对湿度95%的高湿环境，栽培料偏酸性pH值在4BF．BFQ5左右），木霉危害最大。
2）青霉。被污染的培养料上，菌丝初期白色，形成圆形的菌落，随着分生孢子的大量产生，颜色逐渐由白色转变为绿色或蓝色。菌落茸毛状，扩展较慢，有局限性。老的菌落表面常交织起来，形成一层膜状物，覆盖在料面，能隔绝料面空气，同时还分泌毒素，使草菇菌丝死亡。青霉较易在高温、高湿、偏酸性的环境下发生。
3）曲霉。曲霉种类较多，不同的种，在培养基中形成的菌落颜色不同。曲霉对温度适应范围广，并嗜高温，如烟曲霉在45℃或更高温度下生长旺盛；凡pH值近中性的培养料也容易发生；培养料含淀粉较多或碳水化合物过多容易发生；湿度大、通风不良的情况也容易发生。
4）链孢霉。链孢霉又称脉孢霉、红色面包霉、串珠霉。培养料受链孢霉污染后，其菌丝生长很快，并长出分生孢子，在培养料表面形成橙红色或粉红色的分生孢子堆。特别是棉塞受潮或塑料袋有破洞时，橙红色的霉呈团状或球状长在棉塞外面或塑料袋外，稍受震动，便散发到空气中到处传播。链孢霉在高温、高湿的条件下发生最多。