合格的菌袋是草菇生产成功的关键。由于塑料袋栽草菇在生产过程中培养料经过了强碱处理、常压蒸汽灭菌等杀菌措施，一般情况下菌袋的污染率较低，成品率较高。但新栽培者在生产过程中也会出现菌袋成品率不高的问题，出现这一问题的主要原因如下：
1）培养料酸碱度不适合。培养料的酸碱度是袋栽草菇菌丝和子实体能否正常生长的关键。草菇菌丝生长的最适pH值为7BF．BFQ5，而偏酸性培养料不仅不利菌丝的生长和子实体的发育，而且容易受杂菌的感染。而碱性过强，pH值超过8BF．BFQ5也不利于菌丝生长，容易生长鬼伞等嗜碱性杂菌。
以稻草培养基为例，造成培养料偏酸的原因主要有：浸草的水添加的石灰比例太低，水的pH值低于12；拌料至灭菌的时间间隔过长，造成培养料的pH值下降；麸皮等含氮辅料添加过多，或搅拌不匀集中成堆，麸皮多的菌袋也会使pH值下降；灭菌时间过长，超过6小时以上，使培养料pH值降低。造成培养料偏碱的原因主要有：培养料中添加了尿素等碱性物质；拌料时添加的石灰量过大，使培养料的pH值达10以上，常压蒸汽灭菌后pH值还在8BF．BFQ5以上。
预防方法：浸草所用水的pH值达13以上；拌料至灭菌要在当天完成；麸皮的添加量要适中，以10％为宜，同时要拌匀；灭菌时间控制在4～6小时；装袋前要用pH试纸测试培养料的pH值，如果偏低了就用石灰进行调节，将培养料的pH值调至8～8BF．BFQ5。
2）灭菌时间不正确。灭菌时间的长短与成品率的高低密切相关，灭菌时间如果少于4小时和多于6小时均会增加菌袋的污染率。
预防方法：采用常压蒸汽灭菌，将灭菌时间控制在4～6小时。
3）使用劣质菌种。菌种是生产能否成功的关键，生产上如使用了菌龄过长的菌种、老化的菌种、污染的菌种均会造成草菇生产成品率的下降。
预防方法：使用菌龄适中、生长健壮、无污染的菌种。
4）培养温度不适宜。接种后培养室的温度如果不适宜，就会影响草菇菌丝的生长，过高会造成“烧菌”，过低就造成菌丝不走或萎缩死亡。
预防方法：接种时菌筒的温度要适宜，以30℃～40℃为宜，接种后培养室的温度要控制在30℃左右。