草菇菌种被杂菌污染的原因及预防方法主要如下：
1）培养料污染。由于培养料没有完全湿透，培养料偏干，有的培养料夹心部分是干的，这就跟米饭蒸不熟夹生一样，培养料中心的杂菌难以杀死。这种现象常发生于麸皮霉变、结团，拌料时难以吃透水分；棉籽壳、麸皮又没有完成预湿；从拌料到装袋之间的时间短且料偏干的情况。
预防方法：不使用霉变的麸皮等原料，培养料充分预湿，必要时棉籽壳用石灰水浸泡后堆制发酵1天以上再用。
2）灭菌不彻底。常压蒸汽灭菌时间不足或温度不够；灭菌锅排除冷空气不彻底造成假压；菌种袋在锅内叠放太紧密，影响锅内蒸汽均匀扩散，产生灭菌死角。
预防方法：灭菌时严格按照灭菌操作规程，并确保灭菌锅的正常工作。
3）菌袋破洞污染。菌种在生产过程中的装袋、灭菌、接种、运输等，都会由于操作的不小心或机械的原因，使菌袋发生破损，产生破裂或微孔，而杂菌就会从这些破损处进入，造成污染。
预防方法：生产过程中动作要规范，尽量减少菌袋的破损，灭菌时放气速度不能过快，否则由于压力差过大，极易产生微孔。发现破损的菌袋要及时挑出处理，一般将污染袋灭菌处理后倒出重新利用。
4）棉塞污染。在装培养基时，将培养基沾到试管口上，原种、栽培种的瓶、袋口不干净；棉塞与培养基相接触，棉塞在灭菌时受潮等都会引起棉塞污染。
预防方法：分装母种培养基时，不要将培养基沾到试管口上，如有则在塞棉花前要用干布将其擦除；灭菌后在摆试管斜面时，不要将试管倾斜过度，以免培养基沾到棉塞上；原种、生产种在塞棉塞前要将瓶、袋口的培养基清除干净；接种时发现有棉塞受潮的要及时换上干燥的棉塞。
5）接种污染。接种箱消毒不彻底；接种工具或操作人员的手未消毒或消毒不彻底；接种操作不规范；接种箱不密封，超净工作台未提前开机或机械问题等原因都会造成杂菌污染。
预防方法：对接种箱、接种工具、手等进行彻底的消毒；严格按无菌操作规程进行接种操作。
6）母种和原种带菌。若在一批菌种中发现有相当数量，而又感染同一杂菌的往往是由于母种或原种带菌所致。在生产上，上一级菌种带菌，下一级菌种一定被污染。
预防方法：严把母种、原种质量关，在母种、原种培养期间要勤于检查，一旦发现感染，立即挑出，弃之不用。
7）培养室及环境卫生条件差，造成培养污染。培养室接近畜禽舍、居民区等污染源；培养室通风不良；培养室环境潮湿；培养室虫害、鼠害多等都会引起菌种污染。
预防方法：严格按照菌种生产操作规程选择菌种生产和培养场所，保持培养室的干燥、洁净和通风透气。
杂菌污染发生后，尤其是当污染率大量发生时要及时寻找造成污染的原因，并加以改进。一般情况下如果污染集中在瓶、袋口的，应从接种操作，种源，瓶、袋口清洁等方面找原因；如果是中、下部污染较多的，往往是灭菌不彻底；而出现在底部的污染，多为塑料袋本身的问题或装袋时操作产生的破损。