稻草栽培草菇发菌期的管理主要如下：
1）温度的管理。在整个出菇期间，草堆中心温度应控制在36℃～39℃。草堆中应插上温度表，每天定时观测。
草堆的温度过高过低都不好。若温度过高，堆温达到50℃～60℃时，可减薄顶层的堆草，以降低温度，此后草堆中心温度应控制在36℃～39℃。若温度过低，3天后温度还达不到55℃，则是水分不足或草堆不实，急需采取补水及踩踏措施，加厚顶层的堆草。寒潮侵袭容易造成死菇，遇此情况应加盖塑料薄膜或临时加厚草被以保温。酷暑闷热也会死菇，此时白天可以引入常流水或增加淋水次数，但每次淋水量不宜过多。
2）水分的管理。在整个出菇期间，草堆含水量控制在65％～70％之间，播种后第3天就应检查草堆湿度，将草堆掀开，从草堆的上、中、下抽取数根稻草，紧拧，有水渗出但不往下滴，表明合适。若水分不足，一方面应引水喷浇浸润菌床；另一方面需在草堆周围的草帘上早晚各喷1次水。
种菇后至盖固定草被期间如常下大雨，要检查草被是否漏水。盖固定草被至出菇前期间，遇晴朗天气，每天中午淋水1次，淋湿草被为止，以促进草菇菌丝生长及出菇。出菇期间，晴天一般早晚各淋水1次，经常保持草被有适当的湿度，从而确保草堆有良好的温度和湿度。草被太薄的蒸发量大，如淋水不足，会使草堆过干。此时还未有小菇，可以揭开草被在草堆两侧泼水；如已有菇，则用削尖了的竹筒插入草堆内灌水。
3）透气。如果盖的是薄膜，应每天定时把薄膜从畦边翻起，增加通风透气，以后每天上午或下午用同样方法掀膜1次。3～4天后菌丝已经大量生长，到第7～9天出现原基扭结时，可以把薄膜提起5～10厘米，进一步加大通风透气。注意保持空气的相对湿度，可以采取向草帘间歇喷水的方法，但不宜直接向草堆浇水。井水的温度较低，对幼菇不利，也不宜使用。
草菇下种后要经常检查草菇菌丝的生长情况，如果种后2～3天菌丝便开始生长，4～5天菌丝能向上下草层及草堆边缘扩展，说明接种成功；否则，应检查原因，及时采取补救措施。塑料薄膜覆盖草堆能人为地控制和调整草堆的温湿度，有效地促进草菇菌丝的生长和子实体的形成，同时能减少强风、暴雨、低温等恶劣天气的影响。