草菇的生长周期短，且只能利用已经分解的简单物质来生活，碳源以单糖为最佳，一般都对栽培料进行发酵处理。稻草经过发酵处理，可以把稻草中大分子物质分解成糖类及可被利用的含氮物质和无机盐，直接供生长发育需要。同时可杀死稻草和辅料中的杂菌、害虫。JP
在进行发酵处理时，先将稻草用2％的石灰水浸泡24小时，捞起沥干至含水量约为70％左右，牛粪事先粉碎预湿至含水量约60％，与稻草分层堆沤发酵。待料温上升至70℃时，保持1天进行第一次翻堆。翻堆时加入石膏，并用石灰调整pH值为9左右，含水量调整约为65％；以后当料温上升至65℃时进行翻堆，并及时调整含水量与pH值，最后一次翻堆时加入过磷酸钙，经过4～5次翻堆，含水量调整为65％左右，pH值约为9左右。
用发酵处理后的栽培料栽培草菇，产量较未发酵处理的要高，是草菇高产稳产的重要因素之一。