控制温度是阳畦栽培成功的关键。畦温应保持在25℃～38℃，料温保持在32℃～35℃。如畦温低于24℃，应揭开草帘晒塑料膜，利用阳光辐射热升温；畦温高于38℃时，应覆盖草帘，如仍不能降温，应支起薄膜通风降温，阴雨天和夜间应覆盖草帘保温。
菌丝体生长阶段要保持畦内料堆和空气相对湿度。培养料湿度保持在60％～70%，畦内空气相对湿度保持在85％以上。发菌阶段培养料不浇水，如果蒸发量大，可向料面的麦秸上喷雾状水，水温调至30℃左右，但喷水量不宜过大，以喷湿麦秸为宜，且宜在中午温度较高时进行。
菌丝体生长阶段，开始菌丝生长量小，每天结合检查温度进行通风，不必另行通风。随菌丝体生长，应加强通风，增加通风次数和延长通风时间，每天通风3次，每次10分钟，通风量不可过大。另外，通风还要根据温度、湿度条件进行，必要时可随时通风。
菌丝体生长阶段光线宜弱不宜强，弱光和黑暗均可生长。塑料薄膜上应覆盖草帘，避免阳光直射料面。
由于栽培料经过严格的选择和曝晒，拌料后又经充分发酵，加上较高的pH值，一般发菌阶段不发生杂菌污染；如发生污染，应及时挖掉或除治，可向污染处喷洒pH为13~14的石灰水，不可任其蔓延。
发菌管理重点是控制温度，保持湿度，促进菌丝生长和防止杂菌的发生。