菌种退化是指菌种丧失原有的生命力和生产性能的现象。比如出现菌丝长势减弱、生长变慢，在培养基上出现浓密的白色扇形菌落，对环境条件如温度、酸碱度、二氧化碳、氧气、杂菌等的抗逆性减弱，子实体形成期提前或推后，出菇潮次不明显，同时产量下降，质量降低、易死菇等现象。
菌种的退化是不可避免的，草菇菌种若长期采用组织分离繁殖，会出现出菇时间提早，产量逐年下降的现象。
可采取以下措施以减缓菌种的退化：
1）保证菌种的纯培养。一方面不使用被杂菌污染的菌种；另一方面尽量避免将同一食用菌品种的不同菌株混合或近距离培养。
2）严格控制菌种传代次数，特别是避免在单一培养基中多次传代。
3）高温型菌种如草菇，在16℃保存，有利于保存菌丝体的活力。
4）使用适龄菌种，避免菌种的老化。
5）采用无性繁殖组织分离）与有性繁殖孢子分离）交替的育种方法进行育种，每隔3～4代用单孢分离法培育新菌株。
6）菌种要定期进行复壮，最好每年通过组织分离方法复壮1次。