选用优质菌种对栽培来说至关重要。栽培前要对菌种质量进行严格把关。
合格的菌种菌丝淡黄色、透明，全瓶菌丝分布均匀，培养基含水量适宜65％左右）。要求菌种的菌龄适宜，新鲜、健壮，生长势强，无杂菌、无虫害。用来栽培的菌种，菌龄要求在20天左右，菌丝粗壮浓白、上下发育一致、气生菌丝呈白色或半透明状，菌丝上有浅褐色的厚垣孢子，拔掉棉塞后能闻到草菇香味。这种菌种播种后吃料快，长势旺。如果厚垣孢子少，可能菌丝尚幼嫩，可让其继续生长7天后再用。
有以下几种情况的菌种为不合格的菌种：
1）菌丝白色、透明，无厚垣孢子或很少，属幼龄菌种，须继续培养到适龄期方可使用。
2）菌丝逐渐稀少，但有大量厚垣孢子充满料内，菌丝黄色、浓密如菌被，上层菌丝萎缩，属老龄菌种。
3）菌丝稀疏、透明，纤细如蜘蛛丝样，说明菌丝吸收营养不足，菌丝分枝少。
4）菌种袋沉重，菌丝生长不旺，厚垣孢子堆成团块。
5）菌种或棉塞上发现有黄、绿、黑色斑点的，说明菌种已被杂菌污染。
6）菌丝逐渐消亡，袋壁蒙上一层会爬动的粉末，是螨类在蛀食菌丝。
7）菌丝密集，颜色洁白，有时有小菌核，可能混有杂菌，若瓶内长出墨汁状伞菌，证明已感染鬼伞菌。