（1）强化基质灭菌或消毒处理，保证熟化菌袋的纯无菌程度。灭菌期间常压100℃维持8~10小时，高压121℃维持2．5～3小时，切实杀死基质内的一切微生物菌体和芽孢。使用的菌袋韧性要强，无微孔，封口要严，装袋时操作要细致，防止破袋。这些都是减少污染的重要措施。
（2）规范接种程序，严格无菌操作。菌种生产要按照无菌操作程序进行，层层把关，严格控制，才能生产出纯度高、活力强的菌种。有条件的菌种场，灭菌灶应安排进袋口和出袋口门，中部隔断，出袋口处连接种室，经冷却后，在洁净台内接种。操作人员要穿戴好工作服，确保接种室的高度无菌程度。
（3）安全发菌、防止杂菌害虫侵入菌袋。菌种或菌袋发菌室应具备恒温条件，温度控制在20℃～26℃，防止温差过大而引起菌袋出现水汽，杂菌入侵而污染。同时遮光培养，减少蚊蝇成虫飞入产卵危害。