病虫害的发生有以下几个特点：
（1）营养丰富的栽培基质为病虫繁殖提供了良好的食源。许多的害虫和病菌以腐熟的有机质为食源，如跳虫、螨虫、瘿蚊、线虫、白蚁和蚤蝇等昆虫都喜食腐熟潮湿的有机质。经发酵熟化后用于栽培白灵菇和草菇及鸡腿蘑的基质能散发出特有的气味，吸引昆虫成虫在料里产卵。
在食源丰富的情况下，螨虫、瘿蚊能以母体繁殖方式在短时间内快速地增殖后代，往往在30～40天后暴发成灾。熟化的基质也是竞争性杂菌的快速繁殖基地，如木霉、根霉、链孢霉孢子落入富含麸皮、玉米粉、棉籽壳并经过灭菌熟化后的基质内能快速繁殖，而同时接种的白灵菇菌种的生长速度慢，杂菌生长速度远大于白灵菇菌丝生长速度。未经灭菌和熟化的培养基质，曲霉等杂菌未能侵染，一旦灭菌熟化后，杂菌很快地繁殖。接种面被杂菌侵染后食用菌菌种则会失去营养源而无法生长，导致接种失败，菌袋报废。
（2）适宜的出菇环境也为病虫繁殖提供了优越的条件。白灵菇发菌温度在20℃～26℃，出菇温度在10℃～15℃，培养基含水量在62％左右，出菇场所空气湿度在85％以上。适宜的环境使菌丝生长加快，出菇顺利，与此同时也适合某些病虫生活的条件。
（3）食用菌与病菌在生理特性上差异性小，生理特性较一致。许多杀菌药易伤害菌丝和菇体，产生药害。例如，甲基硫菌灵和百菌清用于拌料，易抑制菌丝生长。多菌灵对白灵菇菌丝也有抑制作用，施用敌敌畏后导致不出菇或出畸形菇。
（4）培养基质携带多种病虫源。绝大多数的致病菌和有害昆虫的寄主都是有机质，如稻草、棉籽壳和禽畜粪便等本身就携带大量病菌孢子、菌体、螨虫和蚊蝇等虫卵。在使用前需要将培养基做灭菌处理或发酵处理，以消灭或减少病虫源的基数，减轻病虫害危害程度。
（5）病虫侵害面广，隐蔽性强，繁殖量大，暴发性强。致病菌在前期未被观察到时，已在培养基内萌发和生长繁殖，一旦发现时已造成危害。菌丝在发菌期时无法用药控制，在出菇期有的病害需要多次用药，而有的病害无药可治，如细菌性的斑点病和黄菇病等要用药3次以上才能控制病情。螨虫、瘿蚊、菇蚊从培养基质、菌丝到菇体都能取食危害，在培养基的表面和里层都有虫体分布取食危害。
（6）病虫同时侵入，交叉侵染。菇蚊、菇蝇身上携带螨虫和病菌，当其在培养基和菇体上取食和产卵时就传播病毒、螨虫和病菌，进而传染整个环境。