白灵菇发菌除氨防污染期是指接种后的15～22天，即第三周，此期是菌丝体的均匀生长期，也是菌袋的污染高峰期。
由于菌丝快速生长超过菌袋的1／2，有的超过2／3，菌丝体对氮素需求则越来越少，袋内的游离氨排出的也越来越多，废气（二氧化碳）排放量也越来越大，个别菌袋明显开始收缩。此时要进行一次分类管理，将发菌较好、中等的、较差的菌袋分类挑出，采取不同的管理方法进行管理。即长满的菌袋要扩大进气孔，扩散游离氨，蒸发培养料排出的凝水；中等的菌袋仍拍打松动培养料促进其生长；较差的菌袋菌丝长尖端不超过总料的1／3，影响其生长的原因主要有以下几种情况：
（1）培养料水分少，菌丝生长稀疏，分枝较少，颜色灰白不浓密，这时可向袋内加入1％的石灰水（需用凉开水溶解，不可直接用生水溶解，否则会引起整袋的污染）。
（2）菌袋内培养料有酸臭味，颜色呈棕红色，虽然菌丝浓白，但生长很慢，处理方法是打开袋口让其挥发异味，再加入5％的小苏打溶液进行调理料质。
（3）菌袋内有菌蛆，遇此情况应及时将此袋挑出，放在单独房间内，选用5％敌敌畏药液进行熏蒸，可将菌蛆杀死。
（4）菌袋温度超过37℃造成菌丝发黄，菌袋中部产生白色斑点（鬼伞原基），遇到此类情况处理方法是将菌袋迅速移入20℃以下的低温房舍进行低温养菌，严格控制原基生长。
（5）曲霉拮抗污染，表现症状为在菌袋中部或菌袋边缘菌丝还没有长到的部位，发现灰白色的菌丝，其生长速度是白灵菇的5倍。一旦曲霉发生，重者整个菌袋报废，轻者菌袋表面呈斑块状，白灵菇菌丝绕此而行。此期污染的杂菌主要是绿霉菌和链孢霉，感染严重的要及时消除。培养室内要保持干燥清洁，空气相对湿度保持60％左右，袋温保持在26℃～28℃。