白灵菇菌袋发菌期间，长达45～60天，在这一段时间应定期对发菌场地进行消毒，这样可以减少杂菌污染。消毒用的药物，多选用气雾消毒盒熏蒸，每立方米容积用3～5克，也可用克霉灵水溶液喷雾，每50克粉剂加水10～15千克，拌匀后用喷雾器喷洒空间。
在发菌场地定期进行消毒非常重要，但在生产实践中往往被忽视。空气中经常存在着各种微生物，有许多是食用菌菌丝生长时已存在的杂菌，如果不及时灭除，就有机会侵染菌袋，因此要引起重视。
但在发菌场地消毒时，由于菌袋也在发菌场地堆放，所以必须注意用药量不宜过大、过浓，或喷洒过多，否则会增加发菌场地的空气湿度。喷杀菌药密闭30分钟后，一定要注意通风。