菇蝇是食用菌主要害虫之一，包括蚤蝇、粪蝇等，除了危害杏鲍菇外，还危害蘑菇、平菇、草菇、银耳、鸡腿菇等多种食用菌。大发生时，一般造成30％～70％减产，甚至绝收。
蚤蝇成虫体长1.1~1.8毫米，雌虫稍大，体黑色或黑褐色，幼虫蛆形，乳白色至蜡黄色，长2～3毫米，无明显头部，前狭后宽，体壁多有小突起。粪蝇成虫体长6~9毫米，暗灰色，幼虫蛆形，白色，头尖，尾端截形，头部口钩黑色，老熟幼虫淡黄色，体长8～12毫米。蛹长椭圆形，长6～8毫米，体表光滑，红褐至暗褐色。
菇蝇以幼虫危害子实体、菌丝和培养料。危害菇蕾时，幼虫从菇蕾基部侵入，咬食柔嫩组织，使菇体变成海绵状，导致子实体发育受阻，甚至变黄萎缩，最后将子实体吃空。菇蝇还能侵入菌种瓶内或代料瓶中产卵，幼虫孵化后取食菌丝体，从表层菌丝逐渐深入蛀食，往往10余天就致使菌丝衰退、菌袋逐渐变黄发黑，不出菇或仅出1～2潮菇，菇体瘦小、发育不良。此外，幼虫在培养料中钻蛀，也容易滋生杂菌。
防治菇蝇可采取以下措施：
（1）成虫具有趋光性，夜晚可用灯光诱杀，也可取一些烂果放入盘中，加入少量敌敌畏药液诱杀。
（2）培养料使用前晒干，或进行发酵处理，发酵时可加入0.1％的敌敌畏药液拌料。
（3）搞好菇房内卫生，采菇后清理干净残菇。
（4）菇期发生虫害时，采完菇后再喷杀虫药剂。