线虫是微小的低等动物，肉眼看不见。在显微镜下可以看到线虫的体形细长，两端稍尖，形如线状，体内多为乳白色，透明，在成熟时体壁呈褐色或棕色。繁殖力极强，成熟的雌虫可产卵数十粒到数千粒。
有口针的线虫以口针刺入杏鲍菇菌丝内，吸食细胞液，使菌丝生长受阻，甚至萎缩消失。没有口针的线虫用头部有力地快速搅抖，使菌丝断为碎片后进行吮吸和吞咽，培养料变湿、变黑，菌丝萎缩消失，造成不出菇，还散发出一种特殊的腥臭味。
线虫由培养料、覆土和水进入菇房，人员、工具、昆虫等也可将线虫带入。其生存能力强，危害性很大，在潮湿、不透风的环境下大量发生。线虫发生初期一般不引人注意，危害症状易与生理性病害混淆。
防治线虫可采取以下措施：
（1）生产菌种场地和出菇场要控制好室内湿度，加强通风。
（2）搞好菇房清洁卫生，在使用前要彻底消毒，可用磷化铝熏蒸72小时。
（3）处理培养料可选用1.8％集琦虫螨克乳油7.5毫升/立方米，或3％米乐尔颗料剂45克/立方米。
（4）采用覆土栽培时，覆土可用1.8％集琦虫螨克乳油5毫升/立方米处理，当线虫发生严重时可选用1.8％集琦克螨克乳油7.5毫升/立方米杀虫。