菇蚊包括眼菌蚊、瘿蚊和粪蚊等，其中尤以眼菌蚊更为普遍。菇蚊多发生在高温期，老菇房或环境不良的地方易发生和蔓延。
菇蚊以幼虫危害杏鲍菇的菌丝、子实体及培养料。在菌种瓶危害菌种时，一瓶菌种有数十乃至数百幼虫，常把菌丝吃光，甚至连培养料也被吃成碎渣和粉末。危害子实体时，幼虫将菌柄蛀成空洞，菌盖的菌褶被吃光，并且排出粪便污染菇体，被害菇完全失去商品价值。
防治菇蚊可采取以下措施：
（1）搞好环境卫生以减少虫源。尤其需彻底清除杏鲍菇废料以及菇根、菇柄、烂菇等富含腐殖质的垃圾，集中堆沤。菇房的门、窗及通气孔要安装60目以上的纱门、纱窗，防止害虫传入菇房。旧菇房使用前用500倍的敌敌畏药液喷洒。
（2）播种前可用干料重的0.3％保菇粉拌料，或每平方米用0.9％虫螨克乳油，或5％卡死克乳油1升，对少许水后喷洒培养料。
（3）利用成虫的趋光性诱杀成虫，设置黑光灯或高压静电灭虫灯，或在灯罩上覆透明薄膜、涂机油或植物油。也可用40％聚丙烯粘胶涂于纸板上，挂在光线强的墙壁上，可以消灭不少成虫，有效期可达2个月。
（4）菌袋内少量发生菇蚊时，可注射500倍的敌敌畏药液闷杀；菌袋内部虫量较大时，可用水浸杀死幼虫，也可配制一定浓度的杀虫剂药液浸泡菌袋。
（5）栽培期在出菇前约20天用保菇粉300倍液，或0.9％虫螨克乳油1500~2000倍液，或3％莫比朗乳油1000～2000倍液，或5％卡死克乳油1000～2000倍液浇洒菇床。
（6）菇期大量发生虫害时，等采完一茬菇后，在菇房内喷洒1000倍的速灭杀丁或氯氰菊酯。