细菌分布广，繁殖快，常造成菌种及栽培料的污染。细菌菌落很少，多数表面光滑、湿润，半透明或不透明，常发出恶臭味。在母种培养基上常表现为黏液状，使杏鲍菇菌丝不能生长。栽培料受污染后，多数变黏或腐烂，有时会出现乳白色黏液，打开袋后会散发出难闻的气味。
培养料、水、空气中都含有大量的细菌。谷粒（玉米、小麦）中含有多种不同类型的细菌，所以在用谷粒制菌种时常发生细菌性污染。灭菌不彻底是细菌发生的主要原因，培养料含水量过大、通风不好、环境温度过高等因素也可引起细菌污染。
防治细菌可采取以下措施：①在制作母种培养基过程中，灭菌时要将锅内冷空气排尽，锅内试管摆放不宜太紧密，灭菌时间要充足；②用麦粒制菌种时，选择新鲜、干净、无霉变、无虫蛀的优质小麦做原料，高温期浸泡时间不宜太长，拌料时加入1％的生石灰和0.1％的多菌灵，装袋后最好采用高压灭菌，适当延长灭菌时间；③高温期培菌，加强培养室通风，防止高温、高湿；④局部发生污染时，用100倍的甲醛水溶液或200倍的克霉灵溶液，涂抹或注射感染部位。