杏鲍菇畸形是生产中的常见现象。畸形菇往往失去商品价值，给菇农的经济效益带来重大损失。畸形菇的种类较多，发生原因也不同，在此主要介绍以下畸形杏鲍菇的发生原因：
（1）菇体小，长不大。主要原因是培养料配比不合理，营养成分不足，生长没有后劲；也可能是出菇过密，营养分散。
（2）粘连菇。多个菇体紧靠发育，不成朵。原因是幼蕾丛生过多，疏蕾时没有认真处理，并生的幼菇任其自然发育。
（3）菌体开裂。主要是因为由于温差大而湿度过低，菌盖表皮生长停滞而内部正常生长造成。
（4）萎黄菇。菇体萎缩，颜色发黄，多因通风不良、严重缺氧而引起。
（5）蜡烛菇。菌柄细长无盖，多因棚内空气干燥，湿度不高，引起菌柄抽长，菌盖无法正常开展。
（6）胀腹菇。菌柄肥大内空，原因是子实体生长中期突然气温上升，当超过23℃时，菇体组织层膨胀，内部泡空。
（7）菌盖上长疙瘩。一般发生在冬季，菌盖边缘或整个菌盖长满疙瘩。主要原因是培养室生火增温，导致有害气体聚集，冷热空气刺激（风口冷风）引起菌盖内外细胞生长失调。