杏鲍菇菌袋在发菌过程中出现杂菌污染的原因很多，要给予相应的处理。主要有以下几种情况：
（1）菌袋灭菌不彻底。这是出现杂菌污染最常见的原因，包括：①拌料时培养料没有吸透水，料内有生心，尤其是木屑、玉米芯等质地较硬的培养料易发生这种情况；②灭菌时间不足，在灭菌过程中出现停火断气，或灭菌锅内菌袋摆放过多、过紧。当出现这种情况后，将料倒出，晒干后经过处理重新利用。
（2）菌种带杂菌。在接种后7天内，菌种块周围部分发生杂菌感染，多是因菌种带有杂菌而引起。出现这种情况，应在接种箱内进行无菌操作，将感染的部位及相连2厘米的培养料挖掉，然后重新接上菌种。
（3）接种造成的污染。接种后7天，在菌袋的两端发现有杂菌菌斑，但接种块周围并未发生感染，多是因接种操作不当引起。发现这种情况后，处理办法可参照菌种带杂菌的处理。
（4）培养过程中造成的污染。由于培养室潮湿、不清洁、空气中杂菌密度大，或室温过高，在接种后15天左右菌袋发生污染。出现这种情况后，对污染轻的可用生石灰或0.3％的多菌灵涂抹；污染严重的，将料倒出，晒干后予以处理，重新利用。