组织分离技术是通过分离杏鲍菇子实体组织而获得纯菌种的方法。该方法操作简单，菌丝萌发快，后代不易发生变异，遗传性状稳定，在生产中应用最为普遍。其具体操作如下所述：
（1）种菇的选择。要选择能代表品种原有遗传特性、长势好、菇形完整、刚进入成熟初期的杏鲍菇个体。
（2）种菇的处理与消毒。将挑选好的杏鲍菇去掉杂质，放置1~2小时，使菇体失去多余的水分，然后用75％的酒精对菇体表面彻底消毒。
（3）组织分离。将种菇、母种培养基以及所需用品放入接种箱中或无菌工作台上，用紫外线灯或甲醛消毒30分钟后开始操作。将小刀和接种针在酒精灯焰上灼烧至发红，冷却后用小刀把种菇菌盖与菌褶从中间割开，在菌盖与菌褶交接处挑取绿豆块大小的菌肉组织，迅速放入母种培养基的斜面中间部位。
（4）菌丝培养。将接进组织块的试管用橡皮筋捆扎好，放入恒温培养箱中培养，调温至25℃左右。大概5天后，组织块上长出白色菌丝，继续培养5~7天，挑选菌丝浓密洁白、长势旺盛、无杂菌污染的试管，转入新的试管中，待菌丝发满后，就制成了所要的杏鲍菇母种。这样的母种最好进行小范围的出菇试验，确认其菌丝生长良好、出菇正常时再应用于大面积生产。