多孢分离技术是把杏鲍菇的许多孢子接种于同一培养基上，使孢子萌发而获得纯菌种的方法。此方法简单易行，在杏鲍菇生产中使用广泛。其具体操作如下所述：
（1）培养基准备。在三角瓶内准备好母种培养基，灭菌冷却后备用。
（2）杏鲍菇的选择。选择出菇早、朵形好、长势旺盛的杏鲍菇子实体，从中选择菌盖完整、接近成熟的单个菌盖，去掉菌柄。
（3）种菇消毒。操作在接种箱内或无菌工作台上进行，用无菌水将杏鲍菇菌盖冲洗干净，再用75%酒精涂抹菌盖进行消毒。
（4）孢子采集。把三角瓶放在接种箱或无菌工作台上，用小剪刀将杏鲍菇菌盖剪成2厘米见方的小块，再用细铁丝将小种块悬吊在三角瓶中，使菌褶朝下，弹射的杏鲍菇孢子就能落在瓶底部的培养基上。
（5）培养菌丝。将上述三角瓶置于恒温培养箱中，调温至26℃左右，一般7天左右就会见到培养基上有菌丝生成，当菌丝生长到一定量时，可转接到母种试管上，试管上长好的菌丝即可作为杏鲍菇的母种，在生产中用于转扩或保存。