（1）接种室和接种箱的杀菌处理。每次使用前，先用石炭酸溶液浸湿的揩布将接种箱以及接种室门窗、桌、凳、地面擦拭一遍，再用石炭酸溶液喷雾杀菌，然后开启紫外线灯照射（接种室1~1.5小时，接种箱30分钟）。对那些使用时间较长、污染程度严重的接种室或接种箱，可用甲醛和高锰酸钾混合进行彻底熏蒸消毒，熏蒸后应隔天使用。
将接种所需器具、物品一并放入接种室或接种箱，按一定位置摆好，检查是否齐全，然后点燃气雾消毒剂熏蒸1小时，再用石炭酸溶液进行喷雾，即可进行接种。接种结束后，取出接种材料，然后清理工作台面或接种箱，将废物拿出室外，打开接种室门窗，接种箱上盖，进行通风换气。
（2）接种工具和菌种容器的杀菌处理。接种工具和菌种容器表面要用杀菌剂如75％的酒精、0.2％的高锰酸钾、0.25％的新洁尔灭等进行擦洗杀菌。菌种容器表面杀菌时，注意不要将药物灌入菌种内，以免杀死菌种。蘸有杀菌剂的接种工具和菌种容器要擦干后再使用。杀菌处理后的菌种容器要及时放入接种场所内，防止在外面出现二次染菌，接种工具应在接种场所内进行杀菌处理。
杀菌剂灭菌不够彻底，用火烧则可达到彻底灭菌的目的。将蘸有酒精的接种工具置于酒精灯火焰上灼烧一下，冷却后再用来钩取菌种。菌种瓶口靠近酒精灯炙烤，也可有效杀灭瓶口的杂菌。