（1）酒精。酒精又称乙醇，是常用的消毒剂，有效使用浓度为70％~75％。无水酒精无杀菌作用。常用于手、菌种瓶或袋的外壁、接种工具和进行组织分离时的菇体表面杀菌处理。防治对象为细菌和真菌。
（2）甲醛。一般使用36％～40％的甲醛水溶液，也称福尔马林。接种箱和接种室常采用熏蒸法消毒，效果较好。常用量为1立方米空间用8~10毫升。甲醛气体对人体有一定的刺激作用，使用时应注意防护。
（3）高锰酸钾。高锰酸钾是一种强氧化剂，常用于器材、菌种容器外壁和手的表面灭菌，防治对象为细菌和真菌。使用浓度为0.1％~0.2％，常和甲醛配合使用，利用二者反应产生的甲醛气体进行熏蒸杀菌。
（4）新洁尔灭。一般使用浓度为0.25％的水溶液，用于接种室、出菇房内喷雾消毒以及菌种瓶外壁、器材和手的表面灭菌处理。由于杀菌持续时间短，应随用随配，防治对象为细菌和真菌。
（5）石炭酸。石炭酸又称苯酚，常用于接种室和培养室的环境喷雾杀菌以及菌种瓶或袋的外壁清洗杀菌，使用浓度为3％～5％。苯酚腐蚀性强，使用时应戴上塑料手套。防治对象为细菌。
（6）石灰。培养料中加入1％~2％的生石灰粉对杂菌有抑制作用，3％~5％的石灰水溶液可抑制多数霉菌的生长和繁殖。
（7）多菌灵。多菌灵是杏鲍菇生产中常用的杀菌剂，一般为50％或25％的可湿性粉剂。可用于多种真菌类杂菌的防治，但对毛霉、根霉、链孢霉等无效。常用于生产环境、菌床和拌入料中杀菌，但在拌料使用时只能用于栽培伞菌类的培养料。应注意不要与铜剂和碱性物质混合使用，否则会分解失效。
（8）甲基托布津。该品是一种光谱杀菌剂，用于环境和菌床局部杀菌，对湿腐病和干腐病有良好效果。一般用20%可湿性粉剂稀释成200~1000倍液后进行喷雾或局部处理。
（9）克霉灵。克霉灵对多种霉菌的杀伤和抑制作用较强，是目前比较好的杀菌剂之一。