金针菇一般可以采收3～4潮菇。搞好采收后的管理，有利于提高下一潮菇的产量和质量。采菇后，除按一般常规管理外，还应着重注意下列几点：
（1）搔菌。当第一潮菇采收后，结合清理料面进行搔菌。耙去老菌块和其他杂质，将料面清理平整，升温至13℃～18℃，使菌丝休养生息。经过搔菌的刺激，转潮快，出菇数多，整齐，下潮菇质量较好。
（2）补水。金针菇第一潮产菇量高，菌袋内大量水分被消耗，如果不及时补水，会导致转潮缓慢，出菇参差不齐。要使转潮快，出菇齐，必须使菌袋吸足水，特别是料面不能缺水。
补水的具体方法：①对失水过多、菌料干枯萎缩、重量明显减轻的菌袋，用注水器向料内注水补湿，或将菌袋置水池中浸泡，待菌袋吸足水后，倒去多余的水，把袋口塑料薄膜回翻扎起，以利于保温、保湿；等到再次现蕾后，打开袋口转入常规管理。②对失水不多的菌袋，可在料面连续喷水，直到下潮菇蕾长出，才停止喷水。
（3）补充营养。结合补水，适量补充营养，以有利于提高菇的产量。蔗糖水浓度0．1％～0．2％，注入菌袋或喷洒料面。