金针菇应抓住时机适时采收。采收过早，影响产量；采收晚了，菇体老化，影响品质。所以一般在菌柄长到13~15厘米、菌盖直径在1~1．2厘米时就可采收。
采收的方法是一手按住瓶子或塑料袋，一手握住菇柄，轻轻往上一提，即可将整丛金针菇采下。采收时动作要轻，以防止菇体折断影响质量，如带起培养料，可以用小刀切整齐。
箱床栽的金针菇，一般比瓶栽袋栽的长得高，当菌柄长15厘米时就可采收。第一潮菇采完后，就要进行采收后的管理。首先去掉枯萎的小菇，用手轻轻整平。如水分不足，可以用注射器向料内注水。升温至17℃~18℃，使菌丝重新恢复愈合。10天左右，又可以长出二潮菇。两潮菇以后，可以喷洒0．1％~0．2％蔗糖水或稀释500~1000倍的恩肥等营养液，促使第三、第四潮菇的生长。