为了保持金针菇菌种的优良性状，确保菌种的纯度，防止杂菌污染，菌种保藏十分重要。
（1）继代培养低温法保藏。目前，生产单位大多采用继代培养低温保藏的方法保藏菌种。应注意以下几点：
其一，要选择最适合的培养基来保藏菌种，金针菇采用综合马铃薯培养基（马铃薯200克，葡萄糖20克，琼脂20克，磷酸二氢钾3克，硫酸镁1．5克，酸碱度任其自然）。
其二，保藏的金针菇菌种要接种在新鲜斜面上，在适温下培养至菌丝长满整个斜面为止。培养时间不可太长，以免降低菌种的生活力及保藏时间。
其三，菌种的试管口用硫酸纸包扎，以防潮。
其四，保藏期切勿使试管受潮，并要经常检查有无杂菌，培养基是否干涸。
其五，存放在冰箱的菌种不可过分拥挤，温度控制在4℃。温度过低，培养基结冰脱水；温度过高，加快细胞代谢，影响保藏质量。
其六，一般3～4个月转管1次，最多不得超过6个月。转管时应先在室温下放置，使其活化再行转管。转管使用的培养基与原来的培养基相同。
（2）生理盐水保藏。具体做法是配制0．9％氯化钠溶液，分装入10毫米×150毫米的试管内，每管装5毫升，塞好棉塞，高压灭菌备用。从母种斜面取一小块带有琼脂培养基的菌丝块，每管接1小块。接种后用无菌胶皮塞代替棉塞封口，然后用石蜡封管，置室温保藏，可保藏1～2年。有条件的可购买螺口小试管，免去石蜡封口，又方便可靠。
（3）无菌水保藏。也可采用无菌水保藏，其方法与无菌生理盐水保藏相同。
（4）广口瓶井底保藏。农村若没有冰箱，可把试管用石蜡封好，再装在密闭的广口瓶内，悬在井底保藏。
（5）木屑保藏。用木屑78％，麸皮20％，石膏1％，糖1％，将其装入试管（25毫米×200毫米），装量为管深的3／4，高压灭菌、接种，适温培养，待菌丝长至培养基的2／3时用石蜡封口，硫酸纸包扎，在常温下保藏。保藏期为1～2年。
（6）液体石蜡保藏法。取化学纯液体石蜡（要求不含水分、不霉变）装于三角瓶中加棉塞并包纸，灭菌1小时后放入40℃恒温箱中数天，以蒸发其中水分，至石蜡油完全透明为止。将处理好的石蜡油移接在空白斜面上，28℃~30℃下培养2~3天，证明无杂菌生长方可使用。然后用无菌操作的方法把液体石蜡注入待保藏的斜面试管中。注入量以高出培养基斜面1~1．5厘米，塞上橡皮塞，用固体石蜡封口，直立于低温干燥处保藏。保藏时间在一年以上，在低温下，保藏时间还可延长。
（7）沙土管保藏法。取河沙用水浸泡洗涤数次，过60目筛除去粗粒，再用10％盐酸浸泡2~4小时，除去其中有机物质，再用水冲洗至流水的pH达到中性，烘干备用。同时取贫脊土或菜园土用水浸泡，使呈中性，沉淀后弃去上清液，烘干碾细，用100目筛子过筛，将处理好的沙与土以（2~4）∶1混匀，用磁铁吸出其中的铁质，然后分装小试管内，每管装量0．5~2克，用纸包扎灭菌，进行无菌检验，合格后使用。将已形成孢子的斜面菌种，在无菌条件下注入无菌水3~5毫升，刮菌苔，制成菌悬液，再用无菌吸管吸取菌液滴入砂土管中，以浸透砂土为止。将接种后的沙土管放入盛有干燥剂的真空干燥器内，接上真空泵抽气数小时，至沙土干燥为止。真空干燥操作需在孢子接入后48小时内完成，以免孢子发芽。制备好的沙土管用石蜡封口，在低温下可保藏2~10年。
（8）滤纸片保藏法。取白色（收集深色孢子）或黑色（收集白色孢子）滤纸，剪成4厘米×0．8厘米的小纸条，平铺在培养皿中用纸包裹进行灭菌。采用钩悬法收集孢子，让孢子落在滤纸条上。将载有孢子的滤纸条放入保藏试管中，再将保藏试管放入干燥器中1~2天，除去滤纸水分，使滤纸水分含量达2％左右，然后低温保藏。