（1）菌种质量鉴别：菌种质量的鉴别与原种质量的鉴别方法相同。但有些菌种在培养料面上长有似核桃肉状物，这样的菌种往往产量低，质量差，子实体的颜色较深，属于不良菌种。
（2）出菇检查：无论是引进的菌种或是自己分离的菌种，在大面积生产之前均要通过出菇试验。选择10袋（瓶）左右的菌种，在出菇条件下观察菇蕾及子实体的性状，出菇的产量和菇的质量，确认为优良菌种后方可扩大面积生产。生产单位用这种方法检查，既可靠又简便。具体做法就是把长好的母种留几支作为菌种保藏起来，另一部分母种制原种、栽培种，按一般栽培方法使之出菇，确认良种后再把留下来的那几支母种扩大成原种、栽培种，这样就可以得到所要求的金针菇良种。