液体菌种就是用液体培养基培养而成的菌种。它与固体菌种比较有以下优点：
（1）培养时间短、生产快速。制备液体菌种只需3～7天。用液体菌种作栽培种，要比固体原种提早成熟10～20天，因为液体菌种能流向整个菌袋，发菌点多，分布均匀，从而长满菌袋所需的时间也就大大缩短。
（2）菌龄一致。固体菌种菌丝从上向下延伸，上下部菌龄要相差一个月以上，而液体菌种菌龄一致，菌丝健壮，生活力旺盛。
（3）液体菌种方便，更符合机械化工厂化生产金针菇的要求。但制作液体菌种的设备条件要求较高，投资大，同时液体菌种不便于保存和运输，要具备相应的技术条件。
因此，一般生产单位进行液体菌种生产有难度，不易推广。有条件的单位可采用液体菌种制作原种。