光绪找到袁世凯寻求支持，最后被袁世凯出卖，光绪的生命受到威胁。
慈禧连夜从颐和园返回紫禁城，直接闯入光绪寝宫，大骂光绪，“天下是祖宗的天下，你为什么胡作非为？康有为的变法改变了祖宗的家法，你真糊涂。”慈禧随即下令将光绪囚禁在中南海里的一个叫瀛台的小岛上，后来一度转移到颐和园玉澜堂，慈禧以光绪皇帝的名义发表公告，说光绪身体不好，恳请慈禧太后训政。
就这样，仅仅持续一百零三天的戊戌变法最终失败。康有为、梁启超出逃，谭嗣同等“六君子”遇害菜市口，光绪的政治生命就此完结。
囚禁了光绪，慈禧并没有就此罢休。她见光绪铁心变法，觉得这个外甥是“没救了”，于是想出了个立皇储的办法，以逐步替代光绪，最终达到废黜光绪的目的。
清朝一朝，有别于汉人统治的前朝，清朝立皇储，并不是为了事先选择好继承人，以备万一。他们是采取秘密立储的办法，即，不告诉当事人被立为皇储或皇太子，而是等当朝皇帝死后，才从“正大光明”匾额后取出先皇帝遗诏，新君才算诞生。乾隆、嘉庆、道光，还有慈禧的夫君咸丰等，都是这样当皇帝的。
慈禧骂“光绪的变法违背祖宗的家法，是犯上的行为”，而她自己却不断改变着清朝老祖宗的规矩，将“秘密建储”改成“公开立大阿哥”就是一个典型。所以说，慈禧的政治就是“只许州官放火，不许百姓点灯”，或者说完全是流氓无赖的做法。
慈禧决议要选皇储，谁也拦不住。于是那些遗老遗少们开始积极谏言，以前只有当清朝皇帝死后才会出现的争储闹剧开场了。可是，慈禧有自己的主意，她在政治方面很多时候都表现出超常的霸气，这是她的特殊之处。
慈禧经过反复斟酌，确定瑞郡王载漪的儿子溥儁为大阿哥。原因有二：
一是从溥儁的父系来说，溥儁是爱新觉罗氏的血统。溥儁的曾祖父为嘉庆皇帝。嘉庆帝的第三子绵恺没有儿子，以道光帝第五子奕誴过继给绵恺为后。奕誴是溥儁的祖父。奕誴的第二子载漪是溥儁的父亲。载漪又过继给嘉庆帝第四子瑞亲王为后，袭贝勒。后来，载漪晋封为瑞郡王。
二是从溥儁的母系来说，溥儁有叶赫那拉氏的血统，所以，溥儁处在爱新觉罗氏与叶赫那拉氏两支血缘的交叉点上，从血脉的角度说，几乎是完美的人选。
虽然清明的皇帝从不是这样选出来的，但是，慈禧却偏偏要这样选。
戊戌变法失败后，慈禧第三次听政，她也不再像年轻时那样，要个什么“垂帘”的名义了，干脆耍起混来，就是一句“都听我的”就完事。如果要“垂帘”的名头，恐怕连她自己都觉得汗颜了，没意思了。
这一次，由于慈安皇太后早已经作古，所以从里到外都是慈禧单独执政了。可怜的光绪帝就此被囚禁整整十年。
光绪二十五年（1899）12月24日，慈禧太后懿旨，令十五岁的溥儁入继穆宗同治为嗣，号“大阿哥”。次年正月初一，溥儁代替囚禁中的光绪到大高殿、奉先殿行礼，大有代替光绪的意味。
事实上，帝国主义列强是希望光绪变法的，慈禧将光绪囚禁并铲除变法骨干后，帝国主义列强立即与她关系紧张。慈禧知道列强的厉害，试图修好与他们的关系，但是那些列强不给她面子。
慈禧很生气，因为“戊戌变法”的主角是在列强的掩护下逃出国的。英国人掩护康有为跑到香港，日本人把梁启超搞到日本。
另外，列强对光绪得病不相信，法国人要求到宫里看望光绪，慈禧当然不希望他们去，可是后来各国公使联合起来，以种种借口给清廷施加压力，慈禧退让了。
法国医生见到光绪后认为，光绪身体正常，没有任何病症。这下慈禧的阴谋败露了。
在立了溥儁为大阿哥后，慈禧通知了各国使节，并且要求他们出席宴会，但各国使节都不给面子，一不祝贺，二是干脆回复清廷不能前往。慈禧由此与列强的矛盾更加深了。以至于后来兵戎相见。所以说慈禧后来与列强开战，还是为了自己。
列强不给慈禧面子，倒是使慈禧清醒了许多，因为当时国内的任何人都无法劝阻慈禧了，只有列强对她还有一些牵制作用。所以虽然立了溥儁为大阿哥，准备接替光绪，但是看列强不买账，慈禧也就没敢继续。列强客观上帮了光绪的忙。尽管活得不自由，但光绪因此而没有被慈禧马上就害死。
本来，慈禧准备来年（1900）就举行光绪“禅位”大典的，年号都起好了，叫“保庆”。慈禧的几个亲信见列强都不同意，老百姓也都同情光绪，于是荣禄等人建议停止，慈禧正在犹豫之时，义和团运动爆发了，慈禧才点头暂停“禅让”。
义和团运动爆发后，对义和团起义的性质问题，清廷内部发生了分裂。大阿哥溥儁的父亲载漪等少数大臣认为，义和团是“义民”，不是“乱民”。而更多的大臣认为义和团以抗击列强为宗旨是假，试图推翻大清朝是真。慈禧不知如何是好，同年五月，她任命载漪为总理各国事务大臣，希望他去搞定义和团。结果，载漪也拿义和团没有办法。
义和团运动发展迅速，他们进攻北京东交民巷使馆区，杀死了日本和德国的外交官。列强认为，是慈禧怂恿义和团对他们进行报复的。于是，八国联军于七月进逼北京。
慈禧见势头不妙，慌忙带着光绪、载漪、溥儁以及众多后宫人员和大臣，一路狂奔逃到山西大同。这时候，她还信任载漪，任命他为军机大臣。可是到了年底，慈禧经过三思，将这次镇压义和团不利的责任推给了载漪，于是夺载漪爵位，发配新疆。后来，清廷与列强合谋，镇压义和团运动。
1901年8月，在外逃跑一年有余的慈禧回到北京，未等到紫禁城，便宣布溥儁不宜做“皇储”，废黜其“大阿哥”的名号。这样，光绪皇帝又逃过一劫。
慈禧一行回到北京后，仍然将光绪囚禁在瀛台，仍然是她自己大权独揽。这样又过了五年，时间已经到了1906年了，统治了中国二百多年的大清王朝的丧钟就要敲响了。在1901到1906年间，由孙中山先生领导的资产阶级民主革命发展迅猛，已经垂垂暮年的慈禧早已无法驾驭大清王朝了，她不得不玩弄起“准备立宪”的把戏。
光绪三十四年（1908年）十月二十日，倍受疾病折磨的慈禧宣布，由咸丰帝和慈禧太后的侄孙、光绪帝的亲侄子溥仪为皇储。当时的溥仪只有三岁，于是慈禧又下懿旨：“皇储年纪还小，应当专心学习，所有军国政事，都按我的训令施行。”第二天，被囚禁了整整十年的光绪死去了。第三天，统治了中国半个世纪的慈禧皇太后，将权力交给了光绪帝的皇后叶赫那拉氏，即后来的隆裕皇后，死在了中海仪莺殿。
光绪和慈禧的死亡时间仅隔一天，这为后人留下了谜团。各种说法都有。其中有一种说法认为，慈禧自觉身体不行了，便把光绪害死了。据记载，光绪皇帝本来就身子骨弱，加之多年来被囚禁，心情压抑，患有多种疾病。光绪早在死前五六天的样子，就已经不行了，所以慈禧没有必要整死他，而且慈禧仍然能够果断地选择溥仪即位，看来她的头脑是清醒的，也没有意识到自己会死。慈禧患有几种慢性病，但一般认为是“不要命的”，可是就在十月二十三日那天，慈禧突然不行了，而且宫中没有任何准备，说明御医也没有意识到慈禧会死。当然，慈禧死前基本处于清醒状态，她还有气力宣诏让隆裕皇后听政。
《清史稿·后妃列传》中，有关慈禧的记载似乎也证明了这一点。《清史稿》是这样记载的：三十四年十月，太后有疾。上疾益增剧。壬申，太后命授醇亲王载沣为摄政王。癸酉，上崩于瀛台。太后定策立宣统皇帝，即日尊为太皇太后。甲戌，太后崩，年七十四，葬定陵隆福寺。二年五月，御史潘敦俨因岁旱上言，请更定谥号，谓：“后崩在穆宗升遐百日内，道路传闻，或称伤悲致疾，或云绝粒霣生，奇节不彰，何以慰在天之灵？何以副兆民之望？”太后以其言无据，斥为谬妄，夺官。五年三月，合葬惠陵，上谥。宣统加谥，曰孝哲嘉顺淑慎贤明恭端宪天彰圣毅皇后。
不管怎么说，作为政治家个人而言，慈禧在半个世纪的官场斗争中笑到了最后。但她也遗臭万年！在她垂帘听政或者干脆不要名义只要实权的日子里，她总是从权力这个视角出发，只管自己，而不管国家的命运、百姓的疾苦，所以清朝灭亡也是必然的。