转眼间，慈安、慈禧垂帘听政已经十年，慈禧不仅不将权力还给儿子同治皇帝，而且越来越不把慈安放在眼里。她经常单独召见大臣，决定好的大事也不告诉儿子、慈安，慈安心里是不高兴的。内心里开始反感慈禧。
在为同治选皇后的问题上就是如此。前清的几位小皇帝，都是在十四岁左右就大婚了，可是同治都十七岁了，在内外压力下，慈禧才不得不同意给他选立皇后和妃子。因为皇帝大婚后，就标志着成人了，两宫就必须“撤帘”，要归政，这是慈禧不愿意的。
当时，慈安选中侍讲崇绮的女儿阿鲁特氏，认为她是一个成熟贤淑、识大体顾大局、又能动笔墨的女孩。而慈禧则喜欢员外郎凤秀的女儿富察氏。两宫意见不统一，最后让同治自己选，同治选择了比他大两岁的阿鲁特氏。
慈禧非常生气，后来不断给皇后“小鞋”穿。而慈安在同治大婚后，对阿鲁特氏百般关照，每次来问安时，她都热情接待，往往让她不必拘泥礼节，早些回宫休息。后来，在慈禧的干扰、挑拨下，同治与皇后发生矛盾，分宫居住。
同治十二年（1873）正月，十八岁的同治皇帝开始亲政，慈安、慈禧宣布“撤帘”，同治开始为慈禧重修圆明园，供其养老，甚至不惜为此撤消十位大臣的职务。议政王奕訢等人也阻止重修圆明园，因而激怒了慈禧。这位昔日的功臣被“著革去亲王世袭罔替，降为郡王”。
可是，刚刚执政一年的同治，于同治十三年（1873）十二月死于养心殿，死的时候才十九岁。同治死后，阿鲁特氏要随大行皇帝而去，慈禧巴不得呢，于是在同治死后的第七十五天，阿鲁特氏也“走”了。
有关同治的死因是清朝的一个谜点，至今众说纷纭。
（3）二次垂帘听政
同治死了，他没有留下子嗣，那么由谁来继承皇位呢？慈禧一锤定音，由其外甥醇亲王载恬为皇帝，是为德宗。
由于载恬只有四岁，两宫皇太后再度垂帘听政。
慈禧的这一次选嗣，对清朝皇储嗣立制度进行了深刻的改变。她的目的只有一个，就是垂帘听政，继续独掌朝纲。
为什么说是深刻的变化呢？
第一，慈禧改变了历代皇帝父死子继的祖制。以前，清朝的皇帝都是子辈继承父辈皇位的，从来没有同辈人继承皇位的。努尔哈赤死后由皇八子皇太极继位，皇太极死后由皇九子顺治继位，顺治死后由皇三子康熙继位，康熙死后由皇四子雍正继位，雍正死后由皇四子乾隆继位，乾隆死后由皇十五子嘉庆继位，嘉庆死后由皇次子道光继续位，道光死后由皇四子咸丰继位，咸丰死后由皇独子同治继位。同治虽然没有子嗣，但前皇后裔有千人之多，都可以继位的，但慈禧不选。肥水不流外人田，她选自己的外甥，这样一来是出于壮大自己家族的私心，二来自己可以垂帘。
第二，慈禧改变了皇位继承程序的祖制。皇太极、顺治继位是由满洲贵族会议决定的；康熙、雍正是以遗诏决定继承人的；雍正发明了秘密立储制度，乾隆、嘉庆、道光、咸丰都是这样继位的；同治是独子，自然继位。载恬（光绪帝）继承皇位，既不是满洲贵族会议推举，也不是先帝用遗诏的形式决定的，更不是秘密立储，而是由皇太后慈禧决定的，这在清朝绝对没有先例。
第三，慈禧改变了幼帝由大臣辅政的祖制。事例太多，无法一一列举。
光绪帝载恬继承皇位时只有四岁，从四岁到十七岁，朝政表面上由“两宫”执政，实际上朝权一直由慈禧把持。为此，慈安心里不高兴，整日吃素、打坐念佛。在光绪七年，即1881年，慈安决定亮出咸丰为她留下的手谕，这道手谕着实把慈禧吓了一大跳。
先帝的遗诏大意如下：叶赫那拉氏是皇帝的亲生母亲，母以子贵，日后定会尊封为皇太后。我对此人不敢相信。如果她不安分，你可以拿出此诏，命朝臣除掉她。
这个遗诏不知是否存在，但慈安后期对慈禧把持朝政不满倒是真的。据传，过了几天，慈禧用毒饼将慈安毒死。两宫垂帘听政便成了慈禧单独听政。
慈禧的所谓听政，就是把个人权力、独裁统治放在第一位，在她的心目中国家的利益是次要的。光绪十年（1884），中法战争爆发，这是慈禧听政后的第一场规模较大的对外战争。慈禧害怕战争威胁到自己的统治，急忙派李鸿章与法国谈判，后来又希望美英政府出面“调停”。此时，广大军民在与法国侵略者的战争中已经掌握了主动权，取得了镇南关大捷，可就在这种形势下，清廷还是与法国签订了不平等条约。
有人评论道，慈禧是“外战外行，内战内行”，对付什么侵略者都是臣服，对付国内持任何不同意见者都采取镇压的方式。“外战外行，内战内行”的结果是把二百多年的大清江山丢了。从此，中国进入了受外国侵略者欺凌的时代。
非常可悲的是，就在与法国侵略者战斗激烈的当口，慈禧仍然大兴土木，花费近百万银两修缮储秀宫，清廷到处是一派歌舞生平的景象，为的是准备给慈禧过五十大寿。
光绪十一年（1885），光绪皇帝虚岁已经十五岁了，慈禧来了一个虚晃一枪。在朝议中有大臣提出应当“撤帘”，让光绪亲政。虽然慈禧的心里不高兴，但表面上还是答应了，决定第二年把权力交给光绪。可是，立即由马屁精提出国家需要慈禧把舵，光绪性格温和，没有亲政经验，还需磨合几年。于是，慈禧又“翻供”了，决定再“帮光绪几年忙”。
1887年正月十五，也就是光绪十三年，十七岁的光绪皇帝在北京紫禁城太和殿举行大典，颁诏天下，开始“亲政”。
史书记载，慈禧给光绪规定，每隔一天，光绪必须亲自向慈禧奏报政务，听候训示。遇到重大事情，更得随时请旨，不得有误。
之后，慈禧开始为光绪选皇后，演出了一出“亲戚结婚”的闹剧，这出闹剧我们将在后面进行详述。1889年，十九岁的光绪完婚，慈禧将表面上的权力交给了光绪，可是事情并不那么简单。
（4）无须名义仍然听政
光绪比较懦弱，可偏偏亲政之后表现出立志改革、锐意进取的架势。除了第二年为慈禧办六十大寿时做到了事无巨细外，他也是个“外战外行”，与慈禧不同的是，光绪内战也不“内行”。丧权辱国的《马关条约》、《中法新约》等，就出自光绪之手，当然，慈禧在后面定了盘子，光绪奈何得了她？
没想到，民众反应剧烈，台湾人民发出呼声，坚决要求惩办李鸿章等卖国贼。清廷没有办法，也只好忍痛割爱，将李鸿章的直隶总督、北洋大臣的职务免去。不过，慈禧把责任推到了光绪身上，使光绪感到了莫大的耻辱。年轻气盛的光绪要找机会，重新树立起自己的爱民勤政的形象。
还有一个中日甲午战争，实际上光绪是“主战派”，但是积重难返的中国海军仍然没有打赢这场战争，后来的“规矩”与以前是一样的，签订不平等条约、赔款等等。
中日甲午战争后，民族危机空前严重，资本主义萌芽迅速崛起，先进知识分子以报国为目标，开始了他们试图改良清廷的漫漫征程。
年轻的光绪敏锐地发现了这些人以及他们的主张，也想通过变法使国家日益强大起来，同时也掺着一些“私货”，即把权力从慈禧手中夺回来。在这种思想的主导下，他没有把慈禧的“劝告”当回事儿，于光绪二十四年（1898）六月发表诏书《明定国是诏》，正式表示变法的决心，他听从康有为、梁启超、谭嗣同等人的建议，博采西学，推行新政，并且具体到办实业、开银行、修铁路、改革管制等等，这就是历史上著名的“戊戌变法”。
皇上要搞新政，守旧势力非常害怕，他们找到慈禧，希望她出面阻止。可老辣的慈禧还要观察一段，于是表示：“既然归政光绪了，就不想干预朝政。”
实际上，慈禧也感到了清朝国力的衰退，但是她不允许光绪用“洋人的东西”代替“老祖宗的东西”。经过反复观察和思考后，她终于做出决断，就在光绪和康有为等人变法红红火火的时候，慈禧突然打出三张牌：
一是命令光绪免去“军师”翁同和的职务；二是下令二品以上官员必须到她面前谢恩；三是任命她的亲信荣禄为直隶总督加文渊阁大学士衔，统领董福祥、聂士成、袁世凯的北洋三军。与此同时，她指示光绪到天津阅兵，以在天津“解决皇帝”。