萧耨斤找来族弟萧孝先开始密谋，决定先采取试探性的步骤，看看萧菩萨哥的反应。他们授意护卫官冯家奴、宫分人耶律喜孙诬告萧菩萨哥的弟弟谋反，说他们试图把萧菩萨哥推上台，另立皇帝。许多人被捕后，在牢狱里被冤打成屈，萧匹敌等人被赐死，甚至与萧菩萨哥关系密切的围场太师、女真人都骨里等七人也被斩首。
这一系列行动后，他们终于把手伸向了萧菩萨哥。被父亲耶律隆绪关照过的木不孤，找到母亲萧耨斤，怯生生地为萧菩萨哥求情，他哪知道自己的母亲是何等的残酷与狠毒。如果说别的事情还可以商量的话，对萧菩萨哥的事情绝对没商量。
木不孤说：“齐天后和先帝做了四十年夫妻，而且待我不薄，本该尊皇太后的。现在我们不尊她为太后也罢，何必还要加害于她呢？”
萧耨斤冷冷地回答：“此人不除，必有后患。”
“她没有儿子，年龄也大了，留在宫中也不会怎么样。”
萧耨斤看了看自己的儿子，说道：“孩子，我等了15年啊！你懂吗？”
木不孤再也不敢说话。
实际上，除了皇上木不孤，朝廷里冒死为萧菩萨哥说话的人大有人在。中书令萧朴为先皇后说公道话，萧耨斤哪里听得进去，马上将其打入牢狱。
萧耨斤怕夜长梦多，会有更多的人为萧菩萨哥说话。于是秘密派族亲将萧菩萨哥用车拉到上京（今内蒙古巴林左旗林东镇南）囚禁起来。
萧菩萨哥已经意识到自己的命运了，她从容不迫地做好了最坏的打算。
皇上木不孤知道后，对母亲大为不满。可萧耨斤并不把木不孤当成自己的儿子，而是把他当成萧菩萨哥的人，母子之间如此相处，是很少见的。
木不孤曾经问萧耨斤说：“母亲要把先皇后怎么样？”
萧耨斤只能麻痹儿子，“有人举报她有很多问题，等调查清楚了，就可以放人了。”萧耨斤指示族人，不能把萧菩萨哥的关押地点告诉木不孤。
次年，也就是1032年的春天，木不孤按照先帝的习惯外出打猎，萧耨斤马上命人杀害萧菩萨哥。
她派去的使者来到萧菩萨哥的关押地后，萧菩萨哥已经知道了他的来意。镇静地对来人说：“我是无辜的。如果一定要我死，允许我沐了浴，干干净净地见先帝。”
使者默许。不料等了许久，也不见萧菩萨哥出来，使者再进去看，萧菩萨哥已经自缢身亡了。时年五十岁。
萧菩萨哥虽然死了，但是萧耨斤还不解气，她派人将萧菩萨哥的亲属、侍从等一百余人全部杀死。之后又将四十多名对她有意见的贵族杀死。
萧耨斤在兴奋之余，感到“法天皇太后”的尊号不足以让她过瘾，于是又把自己的生日被定为“应圣节”。
萧耨斤追封其祖父为兰陵郡王，父亲为齐国王，还将她的几个弟弟也都封为王，分任南、北长官，全面掌握军队大权。她甚至还把她和几个弟弟家的数十名家奴委任为高官，一时间各地的无赖都跑到她的几个弟弟家当家奴，以便能有机会封官许愿。
不用说，朝廷里更是萧耨斤的天下，她看不惯的大臣都被免职，留下的都是听命于她的家奴。
萧耨斤的姐姐秦国夫人早年丧夫守寡，可毕竟年轻，难耐寂寞，于是开始干些偷鸡摸狗的勾当。萧耨斤想，总是“打野食”也不是办法，就让姐姐相人。最后，她姐姐看中了伟岸、俊俏的长沙王谢家奴。萧耨斤就下命令杀死谢家奴的妃子，把姐姐嫁给了他。她的妹妹晋国夫人也看中了一表人才的户部使耿元吉。萧耨斤照方抓药，杀死了耿元吉的妻子，强迫人家娶她的妹妹。用两个字形容萧耨斤比较恰当：霸道。用四个字形容就是：为所欲为。
在朝政方面，萧耨斤几乎将耶律隆绪多年来积累的改革优势全部丧失掉。在萧耨斤当政的四年间，辽朝的实力逐渐下降，以至于多年不能恢复。
（4）制造史无前例：儿子囚禁母亲
萧菩萨哥死了，萧耨斤异常兴奋。木不孤感到了人生凄凉，他和母亲的感情更加疏远，而且也不愿意听从母亲的指令了。萧耨斤见儿子常常表情凝重，若有所思，知道他在怀念萧菩萨哥。她的心也凉了。
实际上，木不孤对母后当政并没有太大的意见，因为作为游牧民族，契丹有尊崇女性的习俗，所以才能造就了萧绰这样的优秀皇后。当年萧菩萨哥也曾参与朝政，只是她参与的力度有限而已。
现在，萧耨斤的参政，几乎就是把自己的儿子不当人，甚至在言谈话语中把耶律宗真说成是萧菩萨哥的儿子。这使木不孤非常气愤，他越来越认识到自己的母亲内心极其龌龊！
有一次，兴宗木不孤在非常快活的时候，将圣宗用过的酒樽赠给了弹琵琶的乐工孟五哥。本来这是一件非常小的事情，完全不足挂齿。可是，在皇帝身边的耳目立即报告了萧耨斤。萧耨斤立即将孟五哥抓起来上了重刑。
愤怒之下，木不孤不愿坐以待毙，他立即派自己的心腹开始暗中查找谁是内奸，最后怀疑到高庆朗身上，于是木不孤下令将高杀死，实际上就是给母后脸色看。
萧耨斤心里也非常明白，她把木不孤叫来训话：“杀人这么大的事情都不和我商量，你也太大胆了，眼睛里还有没有我这个皇太后？”
已经决心和母亲撕破面皮的木不孤反唇相讥：“我是您的儿子这不假，但是我也是大辽国的皇帝。杀死一个小小的官员这么点儿事，就不用劳驾母后了。”
“你太不象话了。”
“我只是正常的行使权力。”
双方互不相让，又不点破题。
从这以后，狠毒的萧耨斤竟做出了废黜皇帝的决定，想让她木不孤的弟弟、年纪最小又十分听话的耶律重元接班。没想到，她的阴谋被木不孤发觉了。
有一次，萧耨斤当着木不孤的面，向宋朝使者王拱辰问起宋太祖和宋太宗的关系。王拱辰答道：“是兄弟俩。”
萧耨斤有意说给木不孤听：“兄弟俩，怎么还那样？”意思是兄弟俩竟然还互相残杀。只是她当着使者的面，给大宋留一点面子罢了。
聪明的木不孤立刻明白，毫不示弱地问使者：“宋太宗和宋真宗是什么关系？”
王拱辰答道：“是父子。”言下之意他们非常互相体贴。
木不孤马上说：“是啊，他们是彬彬有理啊！”
在单独宴请王拱辰的时候，木不孤说：“我有个弟弟也想当皇帝，这是母后的意思。不过，我这个弟弟要是当了皇帝，恐怕咱们两个国家就不会成为好朋友了。”王拱辰立即明白了木不孤的所指。
年已十八岁的木不孤一不做二不休，虽然表面上他与母后客气地周旋，内心里已经决定先发制人。他开始以高官厚禄为后盾拉拢身边的人和大臣，甚至连萧耨斤的亲信赵安仁、耶律喜孙等也被他拉拢过来，积极地给木不孤出主意想办法，甚至开始监视萧耨斤的一举一动。
重熙三年（1034）五月，萧耨斤和木不孤到行宫避暑，木不孤看萧耨斤的亲信大多没来，立即做出了一个非常有魄力而且史无先例的举动：囚禁母后萧耨斤。
为了师出有名，木不孤命令亲兵首先秘密地将与萧耨斤合计废黜他皇位的萧孝先抓起来，逼迫他承认既定事实。待他承认后，立即由反戈一击的耶律喜孙率二百多名士兵来到母后居住的宫殿前，将萧孝先坦白的事实宣诏，木不孤自己在远处张望、指挥。
萧耨斤的卫士也不是吃素的，他们决心死拼到底，于是双方发生战斗，杀死了不少人，最后将萧耨斤抓了起来，收回了被萧耨斤掌握的象征皇权的玉玺。
木不孤命令士兵将母后装在用黄布裹罩的车上武装押走，关在一个可靠的兵营中。一路上，木不孤下令在生活上要善待萧耨斤。
但是萧耨斤怎么能咽下这口气呢？她一路走一路骂。
木不孤决定破釜沉舟，将萧耨斤的几个弟弟，也就是他的舅舅全部杀死，并且对萧耨斤的其他亲信也大开杀戒。萧耨斤就这样栽在自己儿子的手里了。
重熙三年（1034）七月，木不孤，也就是辽国的耶律宗真皇帝从此开始亲政了。他号令严明，没有大的造就，但是保江山没有问题。
重熙四年（1035）秋，耶律宗真打猎途中经过葬萧菩萨哥的白马山，见坟头淹没于荒野之中，内心很是难受，不禁流下了眼泪。回来后，耶律宗真追尊萧菩萨哥为“仁德皇后”，并且将她的陵墓扩建，定期祭扫。
四年后的一天，耶律宗真请人给他讲汉族的经典名著《报恩经》，略有所思，觉得囚禁自己的生身母亲似乎有些过头了。不管怎样，母后生下自己也是过了人命关的，虽然萧耨斤对自己不好，但是毕竟是自己的母亲。而且作为皇帝，宽宏大量才是真正的美德。于是，良心发现的耶律宗真决定继续善待母亲，并且把她回来奉养，还特意给母亲建了一座宫殿。重熙八年（1039）七月，他将母亲接回。此时萧耨斤已经哭干了眼泪，她不肯原谅自己的儿子。
重熙二十四年（1055）八月，四十岁的耶律宗真突然患重病死去。他的儿子耶律洪基即皇帝位，是为道宗。改年“清宁”。封父亲为“神圣孝章皇帝”。
耶律宗真驾崩的消息传到已经年迈的萧耨斤耳朵里，萧耨斤毫无反应。
耶律洪基上台后，理政无方，完全是个昏庸皇帝，晚年甚至把老婆孩子都杀了。但是他改善了与祖母萧耨斤的关系，并且封萧耨斤为太皇太后，还经常去看望他。在重大节日期间或者萧耨斤的生日，耶律洪基都要亲率文武为祖母庆贺或祝寿。萧耨斤感到了一丝安慰，经常念叨，“孙子比儿子强啊！”
清宁三年（1057）十二月，萧耨斤病危。耶律洪基一面派御医多方诊治，一面特意赦免囚犯，为萧耨斤祈福，希望她能好过来。但是，这位年轻时滥杀无辜、总揽朝权的太皇太后萧耨斤还是走了。耶律洪基赐萧耨斤“钦哀皇后”的谥号。