事业部式项目组织机构的缺点是：企业对项目经理部的约束力减弱，协调指导的机会减少，故有时会造成企业结构松散，因此必须加强制度约束，加大企业的综合协调能力。
2.工程项目组织机构的选择思路
选择什么样的项目组织机构，应将企业的素质、任务、条件、基础同工程项目的规模、性质、内容、要求的管理方式结合起来分析。要选择最适宜的项目组织机构，不能生搬硬套某一种形式，更不能不加分析地盲目作出决策。一般来说，可按下列思路选择项目组织机构形式。
①大型综合企业，人员素质好，管理基础强，业务综合性强，可以承担大型任务，宜采用矩阵式、混合工作队式、事业部式的项目组织机构。
②简单项目、小型项目、承包内容专一的项目，应采用部门控制式项目组织机构。
③在同一企业内可以根据项目情况采用几种组织形式，如将事业部式与矩阵式的项目组织结合使用，将工作队式项目组织与事业部式项目组织结合使用等。但不能同时采用矩阵式及混合工作队式，以免造成管理渠道和管理秩序的混乱。
3.项目组织效果评价
项目组织确定后，应对其进行评价，基本评价因素如下。
①管理层次及管理跨度的确定是否合适，是否能产生高效率的组织。
②职责分明程度。是否将任务落实到各基本组织单元。
③授权程度。项目授权是否充分，授权保证的程度，授权的范围。
④精干程度。在保证工作顺利完成的前提下，项目工作组成员有多少。
⑤效能程度。是否能充分调动人员积极性，高效完成任务。
根据所列各评价因素在组织中的重要程度及对组织的影响程度，分别给予一定的权数，然后对各因素打分，得出总分，以作评价。
4.3工程项目实施的组织模式
每一个工程项目都是一个涉及多学科、多专业的系统工程，具有不同的施工特点和施工条件，这就要求根据项目的不同，将多种专业的企业按照一定的组织方式联合起来，进行项目实施工作，因而实施的组织模式更具有复杂性。工程项目的实施组织模式是通过研究工程项目的承发包模式来确定工程项目合同的结构；合同结构的确立也就解决了工程项目的管理组织，决定了参与工程项目各方的项目管理的工作内容和任务。
承包方式及合同类型的确定是一个动态过程。一般情况如下：最初由业主先选定一种对自己有利的承包方式和合同类型，但最终的确定要建立在业主与承包商利益——风险平衡的基础上。承包商在投标与谈判过程中应施加一定的影响，以避免选定对自己不利的承包方式和合同类型。确定承包方式和合同类型应考虑以下几个方面的问题。
(1)工程项目的工艺技术水平
人们都十分清楚项目投资效益与项目工艺技术水平的关系密切，在某种程度上项目工艺技术水平的高低决定着未来产品和服务的竞争力。许多先进工艺技术水平都作为专利或专有技术掌握在个别承包商或咨询公司手里，而这些拥有工艺技术的承包商具备承包管理能力时，对于业主来说也是一种理想的承包方式。这种项目若采用固定价合同，则承包商风险过大，要承担很高的风险费，因此一般采用开口价合同(主要是成本加酬金合同)。
(2)国家的整体利益
如今，由发达国家向发展中国家转让工艺技术是最大的技术转让。我国也大量引进国外先进技术，而外商希望将工程总包下来。这样尽管有利于达到项目工艺技术水平，但有三点不利：一是承包费用很高，工程建设费用大笔地流往国外；二是挤占了我国建筑市场；三是不利于我国吸收、消化国外先进技术。这时应尽量采取购买国外工艺包、国内配详细设计并承包工程的做法。具体承包方式可以选择以设计为主体的联合工程总承包方式或设计、施工分别承包的方式。
(3)建筑企业组织结构
建筑企业组织结构的发展方向是形成总承包公司、专业施工公司和劳务基地三层次分离又密切结合的组织机构。这意味着将要培养和发展一批总承包公司，为业主选择总承包方式提供广阔的挑选余地。但是，从传统单一功能的设计院或大型综合性施工企业发展成为总承包公司要有一个过程。就当前来看，总承包公司数量有限，新发展的总承包公司的能力还不是很高，限制了业主采用总承包方式。另外，管理型承包商的发展状况和水平同样影响着管理承包方式的采用。
(4)工程项目设计占主导地位的程度
有些项目，如石化、冶金、能源和大型高档次的民用建筑等工程项目，其设计占主导地位的程度高，采用总承包方式有利于工程一体化管理，在缩短工期、保证质量、节约投资等方面效果明显。
一般加工业项目或民用工程，其设计占主导地位的程度较低，不同承包方式的差异小一些。对这些项目应强化工程监理，以实现工程项目一体化管理。
(5)工程项目的工期要求
就同一个项目而言，总承包范围越大，越有利于采用快速跟踪程序，以减少谈判、磋商环节，实现各环节的交叉搭接，缩短工期。
(6)工程项目的可知可控程度
高、新、尖项目很难采用固定价合同，多采用成本加酬金合同类型。因为固定价合同的准备时间长，一个大项目往往需要很长的准备时间。对复杂项目、新项目，人们对其工程细节，如时间参数、费用估价、资源消耗等难以进行较准确地确定。
(7)当时当地的经济、社会、政治环境
经济、社会、政治环境不稳定，如通货膨胀、社会秩序混乱或政局不稳，必然增大了工程的风险性，使承包商很难接受固定价合同及有最高限制的成本加酬金合同，一般采用实际成本加酬金合同。
(8)业主和承包商的意愿
业主和承包商都希望所选定的方式和类型对自己有利，尽量承担较少的风险。有些业主愿意组织较完善的业主项目管理班子来控制工程建设，另有些业主对建设过程无意过多干预，因而只组织少数监督管理或工程监理人员构成业主项目管理班子。此外，业主的工程管理水平高低与技术力量强弱常常影响着承包方式的确定。选择承包方式和合同类型，要求业主站在科学的立场上，考虑整体和长远利益及自己的项目管理能力，另外还要考虑承包商的合法权益、能力经验等。
工程项目主要涉及三方面的介入，即以业主方为主体的发包体系，以设计、施工、供货方为主体的承建体系，以及以工程咨询、评估、监理方面等为主体的咨询体系。工程项目的复杂性就决定了市场主体三方的不同组织系统，构成了不同的项目实施的组织模式，主要有平行承发包、设计/施工总承包、项目总承包、承包联营模式、CM承包模式、承包监理模式等。
4.3.1平行承发包模式
这种组织方式也称“分别承包方式”，是指业主根据实际情况将工程项目分解后由业主分别委托几家承包单位来进行建造的方式。采用平行承发包模式，对业主而言，其将直接面对多个施工单位、多个材料设备供应单位和多个设计单位，而这些单位之间的关系是平行的，各自对业主负责。
1.平行承发包模式的合同结构
根据承发包方式的形成特征，即业主将工程分解后分别进行发包，分别与各承建单位签订工程合同。因为工程师采用切块平行发包，如业主将工程施工切成N块，则业主就会签订N个设计合同；工程任务切块分解越多，业主的合同数量也就越多，其合同结构如图46所示。
2.平行承发包模式对业主方项目管理的利弊
①采用平行承发包模式，合同的乙方数量多，业主对合同各方的协调与组织工作量大，管理比较困难。业主需要管理协调设计与设计、施工与施工、设计与施工等各方相互之间出现的矛盾和问题。因此，客观上就要求业主方建立一个强有力的项目管理班子对工程实施管理，并很好地协调各参与单位之间的关系。
②对投资控制有有利的一面：因为业主是直接同各承建方签约，再分包的情况基本很少，业主一般可以得到较有竞争力的投标报价，而合同价会相对较低。对投资控制不利的一面是：整个工程的总合同价款必须在所有合同全部签订以后才能得知，总合同价不易在短期内确定，在某种程度上会影响到投资控制。
③采用平行承发包可以提前开始各发包工程的施工，经过合理的切块分解，设计与施工可以交错进行，从而缩短整个项目的工期，有利于实现进度控制的目标。
④有利于工程质量的控制。由于工程分别发包给各承建单位，合同间的相互制约使各发包工程内容的质量及进度要求可以一定程度上得到保证，各承包商能形成相互检查与监督的约束力。如果当前有一工序的工程质量有缺陷，则后一工程的承建单位不会同意在不合格的工程上继续进行施工。
⑤建设项目招标的组织管理工作量大，同时合同管理的工作量也大，且将项目平行切块的发包单位数越多，导致业主要签订的合同数也就越多，管理的工作量也就越大。采用平行承发包形式的核心是要有效合理地确定每一发包合同的合同标的物的界面，合同界面不清，业主方合同管理的工作量及难度都会加大，对各个承包商的协调及组织工作量将不可避免地加大好多倍。
平行承发包模式的管理组织形式，在管理组织结构中，业主任命项目经理，也可委托工程咨询单位担任项目经理，组建项目管理班子。项目经理接受业主的工作指令，对工程项目实施规划和控制负责，并代表业主的利益对项目各承建单位进行管理。
4.3.2设计/施工总承包模式
设计/施工总承包的承发包模式是业主将工程的设计任务委托给一家设计单位，将施工任务委托给一家施工单位进行承建的方式。这一设计单位就成为设计总承包单位，施工单位就成为施工总承包单位。采用设计/施工总承包形式，业主将直接面对的是两个承建单位，即一个设计总承包单位和一个施工总承包单位。设计总承包单位与施工总承包单位之间的关系是平行的，它们各自对业主负责。
1.设计/施工总承包模式的合同结构
采用设计/施工总承包模式，业主仅与设计总承包单位签订设计总承包合同，与施工总承包单位签订施工总承包合同。总承包单位与业主签订总承包合同后，可以将其总承包任务的一部分再分包给其他承包单位，形成工程总承包与分包的关系。总承包单位与分包单位分别签订工程分包合同，分包单位对总承包单位负责，业主与分包单位没有直接承发包关系。其合同结构如图47所示。
2.设计/施工总承包形式对业主项目管理的利弊
①业主方对承建单位的协调管理工作量较小。从合同关系上，业主只需处理设计总承包和施工总承包之间出现的矛盾和问题，总承包单位协调与管理分包单位的工作。
总承包单位向业主负责，分包单位的责任将被业主看作是总承包单位的责任。因此，设计/施工总承包形式有利于项目的组织管理，可以充分发挥总承包单位的专业协调能力，减少业主方的协调工作量，使其能专注于项目的总体控制与管理。
②设计/施工总承包单位形式的总承包合同价格可以较早地确定，宜于对投资控制。但由于总承包单位需对分包单位实施管理，并需承担包括分包单位在内的工程总承包风险，因此总承包合同价款相对平行承发包要高，业主方的工程款支出会大一些。
③在工程质量控制方面，总承包单位能以自己的专业能力和经验对分包单位的质量进行管理，可以监督分包工程质量，对质量控制有利。但如果总承包单位出于切身利益或不负责任，则有可能对工程质量进行隐瞒，对业主方的质量控制造成不利影响。
④采用设计/施工总承包模式，一般需要在工程设计全部完成以后进行工程的施工招标，设计与施工不能交错进行。但另一方面，总承包单位须对工程总进度负责，需要协调各分包工程的进度，因而有利于总体进度的协调控制。
在项目的实施过程中，项目经理接受业主的指令，设计总承包单位和施工总承包单位接受项目经理的工作指令。设计总承包单位和施工总承包单位分别对设计分包单位和施工分包单位的工作进行管理。设计/施工总承包模式的管理组织结构如图48所示。
4.3.3项目总承包模式
项目总承包模式是指业主将工程的设计和施工任务一并委托给一个承建单位进行实施的方式。这一承建单位就称项目总承包单位，由其进行从工程设计、材料设备定购、工程施工、设备安装调试，直至试车生产、交付使用等一系列实质性的工程工作。全包单位应自行完成全部设计施工任务，必要时也可将部分设计或施工任务分包给其他设计、施工单位，但分包的前提必须是在取得建设单位的认可之后。
1.项目总承包模式的合同结构
采用项目总承包模式，业主与项目总承包单位签订总承包合同，只与其发生合同关系。项目总承包单位拥有设计和施工力量，具备较强的综合管理能力。项目总承包单位也可以是由设计单位和施工单位组成的项目总承包联合体，两家单位就某一项目联合与业主签订项目总承包合同，在这个项目上共同向业主负责。对于总承包的工程，项目总承包单位可以将部分的工程任务分包给分包单位完成，总承包单位负责对分包单位进行协调和管理，业主与分包单位不存在直接的承发包关系。项目总承包模式的合同结构如图49所示。
2.项目总承包模式对业主方项目管理的利弊
①项目总承包形式对业主而言，只需签订一份项目总承包合同，合同结构简单。
由于业主只有一个主合同，相应的协调组织工作量较小，项目总承包单位内部及设计、施工或单位等方面的关系由总承包单位分别进行协调与管理，相当于业主将对项目总体的协调工作转移给了项目总承包单位。
②对项目总投资的控制有利，总承包合同一经签订，项目总造价也就确定，但项目总承包的合同总价会因总承包单位的总承包管理费及项目总承包的风险费而较高。
③项目总工期明确，项目总承包单位对总进度负责，并需协调控制各分包单位的分进度。实行项目总承包，一般能做到设计阶段与施工阶段的相互搭接，对进度目标控制有利。
④项目总承包的时间范围一般是从初步设计开始至项目交付使用，项目总承包合同的签订在设计之前。因此，项目总承包需按功能招标，招标发包工作及合同谈判与合同管理的难度比较大。