由于担心彼得格勒遭到德国入侵，1918年3月，在《布列斯特和约》签订后，苏维埃政府迁到莫斯科。莫斯科是俄国的古都，是俄国欧洲部分的中心，把它定为苏维埃俄国的首都，既便于新政府对全国的领导，又可免遭德国帝国主义入侵的危险。
列宁的办公室设在莫斯科克里姆林宫的一座三层楼上，有5个小房间。他的卧室兼工作间的面积仅16平方米，有一扇窗户、一张小书桌、一张铁床和两把圈椅。人民委员会和全俄中央执行委员会的办公地也设在克里姆林宫。列宁的办公室通向人民委员会的会议厅。办公室的隔壁是克里姆林宫的电话总机房，屋外的走廊上装有一架电报机。供列宁专用的电话、电报线连接各人民委员部和他的最亲密助手的房间，以及彼得格勒和其他城市。电话、电报昼夜不停地打进打出，显得格外地忙碌。列宁每天都有处理不完的国家大事，还要接待国内外各地、各界、各条战线的来访者，出席首都各界举行的集会，发表重要演说。这不仅加重了他的工作负担，也加大了苏俄政府安全机关保卫工作的难度。
十月革命由于推翻了地主、资本家和剥削阶级的统治，没收了他们的土地、工厂、企业，退出了帝国主义战争，引起了这些人对苏维埃政府、布尔什维克党及其领导人的刻骨仇限。他们互相勾结，不择手段地从事颠覆、破坏、谋杀等恐怖活动。
为了破获和镇压国内外敌人的恐怖活动，早在1917年12月底，列宁就下令，组建一个以捷尔任斯基为首的“全俄肃清反革命分子和逮捕反革命分子非常委员会”（简称“肃反委员会”或“契卡”）。
“肃反委员会”遵照列宁指示，无情地镇压一切反对苏维埃政权、从事恐怖活动的党派和个人，采用十分严密的措施保卫党和国家领导人的安全。尽管如此，依然发生了好几次恐怖分子刺杀列宁及党和国家其他领导人的事件。
第一次暗杀事件发生在1918年1月14日。
这天，米海洛夫斯基马术学校的一支部队即将开赴前线，列宁应邀在欢送会上向整装待发的官兵发表演说。在返回克里姆林宫的路上，他的车子突然遭到了一群身份不明的恐怖分子的袭击。如果不是坐在旁边的普拉廷抱住列宁的头部，把他推到一边，那么，其后果将不堪设想。车子转过弯，列宁叫司机停下车，打开车门问道：“你们还都活着？他们真的是向我们开枪吗？”
“他们的确是在向我们开枪，列宁同志。”司机回答道。
“我以为你们都完了呢。好险呐！假如他们打中了一只轮胎，我们就逃不掉了。再说，在大雾里是不能开快车的。刚才真是冒了大险呢！”列宁说。
在彼得格勒的大雾里，四周都是一片白茫茫的。到了住所，人们检查了车子，发现车顶篷上有几个地方被子弹打穿了，车窗的玻璃也被击碎了。普拉廷的手在流血。这是因为当他把列宁的头推向一边的时候，一颗子弹正从他的手指边擦过。
第二次谋杀事件发生在1918年8月30日。
1918年春天，列宁在一次党的负责人会议上说：“在目，前国内外斗争十分尖锐的形势下，为了巩固新生的红色政权，镇压不甘心灭亡的敌人的反抗，必须紧紧地依靠广大群众的支持。布尔什维克的每一个党员都应该经常到工人、红军、农民的集会上发表演说，宣传、解释党的方针、政策，以便得到他们的理解和信任。”
根据列宁的建议，党中央专门作出一条规定：每个星期五，中央委员和党的负责同志都要在莫斯科的群众集会上发表一次演说。而且不要回避工人们提出的任何问题。列宁身体力行，带头执行这条规定。有时，他一天甚至外出演讲两三次。工人在集会上所流露的情绪，所提出的建议和意见，列宁都耐心地解答。
列宁经常外出演讲，使他能直接了解到人民群众的愿望和呼声，及时地改进党和政府的工作，因此赢得了广大群众的衷心爱戴，但同时也被时刻要谋杀他的敌人掌握了活动规律。
8月30日这一天，著名的布尔什维克领导人乌里茨基被敌人暗杀。莫斯科肃反委员会负责人得知这一消息后，准备劝说列宁不要外出发表演讲，但是已来不及了。列宁早已离开了克里姆林宫，正在工人集会上发表慷慨激昂地演说。列宁在结束演讲时，高声喊道：“我们的出路只有一条，不是胜利，就是灭亡！”还没等听众的掌声停息，他已快步跨出门口。
这时，受右派社会革命党人指派，执行暗杀列宁任务的恐怖分子范尼·卡普兰和诺维科夫，早已躲在暗处窥视列宁的一举一动了。女恐怖分子卡普兰的手枪里装的子弹头上涂满了毒药。她在等待着最合适的时机下手。
当列宁从门口出来时，假扮水兵模样的诺维科夫伸开双臂，拦住群众，然后又故意摔了一跤，挡住了跟在列宁后面的工人。这样，列宁走到场院里的时候，就只剩他一个人了。这时，有几个妇女从旁边跑过来，要和列宁谈粮食问题。列宁回答问题时，一只脚踩在汽车的踏板上，面对着躲在暗处的卡普兰。
卡普兰一看下手的时机到了，随即举起手枪，朝列宁“砰、砰、砰”地连射三枪。列宁应声倒下了。手插在上衣口袋里的诺维科夫企图靠近汽车，准备再补上一枪。“不准走近，不然我就开枪啦！”列宁的司机吉尔眼明手快，猛地拉开车门，跳下汽车，掏出手枪，大喝一声。诺维科夫仓皇逃跑了。
列宁被两个赶来的工人扶进汽车，侧身半坐半躺在座位上，汽车风驰电掣（che）般地朝克里姆林宫方向驶去。在车子里，陪同的工人帮列宁脱去了外套和上衣，他的衣袖被鲜血渗透了。司机吉尔想停车找个医院，先包扎一下列宁的伤口。但是列宁不肯，喃（nan）喃地说：“我不要在任何地方停留，我要直奔克里姆林宫。”
当车子开到克里姆林宫的住所时，工人们要把列宁抬上楼去，但是他坚决不答应。因为他怕抬进去，会惊动妻子克鲁普斯卡娅和妹妹玛丽娅。两个工人只好搀扶着他顺楼梯艰难地登上了三楼。
经过莫斯科最好的医疗专家的会诊，发现有两颗子弹射进了列宁的身体内，失血很多。医生警告说：“列宁同志的伤势很严重，情况也许是不幸的。”
这是一个令人心焦的不眠之夜。列宁面色苍白，无力地躺在床上。医生和几名中央委员彻夜地守护在他的身旁。但是每当有人问他感觉如何时，他都忍住剧痛，强露笑容。列宁总是不愿意别人替他担忧。
第二天早晨，他的精神稍好些，但是伤势未见好转，而且有血液中毒的可能。
在出事的当天晚上，中央委员会发表了列宁被刺的公报，其中说：“工人阶级应当更加增强自己的力量，对一切敌人采取无情的、群众性的恐怖行动，来回击他们对领袖的谋害！”
为了狠狠地打击敌人的恐怖活动，以捷尔任斯基为首的肃反委员会，开始了大规模的镇压反革命活动，破获了许多反苏维埃的叛乱阴谋，逮捕并枪毙了一大批恐怖分子，其中包括刺杀列宁的卡普兰和诺维科夫。
在医生的精心医护下，列宁以顽强的毅力度过了危险期。他的身体逐渐恢复。一个星期后，开始读书、看报，和看望他的人聊天。不到两个星期，已能下地走路，恢复锻炼。三个星期后，即9月17日，尽管身体还没有完全康复，但是他已经能出席全俄中央执行委员会会议，并主持政府工作，重新掌管红军的组建工作及其军事行动。
自从列宁被刺后，布尔什维克党和全国各族人民都焦虑地关注着自己领袖的伤势。各地、各奈战线发出的电报和信件，如雪片般地飞向克里姆林宫，问候列宁的健康状况，祝愿领袖能旱日康复。
列宁被刺时，内战已经爆发，年轻的红军已收复了被白卫军占领的喀山和辛比尔斯克。战士们一听说自己敬爱的领袖被恐怖分子刺伤，立即发来电报：“亲爱的伊里奇，我们已夺取了你的故乡辛比尔斯克，这是对你受的一处伤的安慰，我们将夺取萨马拉作为对你受的另一处伤的问候。”几个星期后，萨马拉被攻破了。
第三次，即1919年1月，列宁险些被匪徒们杀害。
1918年到1919年冬天，莫斯科频繁发生匪徒劫持行人、抢窃车辆的案件。值勤的民兵为打击这股犯罪分子，常常拦住车子，检查过往乘客们的证件。
1919年1月的一个晚上，当列宁和他的妹妹玛丽娅乘车沿着索科尔尼基大道行驶时，似乎听到了车外有急促的哨声和“停车”的叶喊声。司机以为是值勤民兵查验证件，于是停下了车。
列宁的车子一停下，一群武装分子就围了上来。其中一个领头的喝令车里的人全走出来。既不看他们拿出来的通行证，也不问他们的身份，便用手枪顶着列宁的额头，掏他的口袋。列宁泰然自若地盯着这个领头的，什么话也不说。
“你们是些什么人？拿出证件来！”玛丽娅厉声问。
“嘿嘿！罪犯不需要证件！”其中一个匪徒狞笑着。
这群匪徒在翻遍了列宁一行人的衣兜后，便抢走了他们的汽车。整个事件发生得非常突然，以致过路的人都没有反应过来。所幸的是，这帮匪徒没有对列宁下毒手，使他又一次躲过了劫难。
当天晚上，被匪徒们劫持的汽车在城市的另一头被发现。车子停在雪地里，旁边躺着一名红军战士和一个民兵的尸体。事后，经过莫斯科肃反委员会的严密侦查，匪徒们被捉住了。