在批发市场发展热潮中，由于缺少市场规划、盲目建设，一些地方出现了有场无市的“空壳市场”。这一阶段批发市场的数量继续保持快速增长，由1991年的1509个增长到1995年的3517个，连续5年递增率超过两位数，其中1995年甚至高达42.3％。每年增加400多个新建的农产品批发市场，在短短几年时间内增加近1.3倍。市场秩序也存在问题，车匪路霸和欺行霸市的行为在各地批发市场普遍存在。
4.第四阶段：规范发展阶段（1996—2001年）
（1）背景
1995年，国家工商行政管理总局《关于工商行政管理机关与所办市场尽快脱钩的意见》，要求工商部门与所办市场脱钩，推行管办分离，解决其既当“运动员”又当“裁判员”的问题。此阶段，国家也开始加大力度整顿市场秩序，打击车匪路霸和欺行霸市的违法行为，清理撤销一些地方政府发布的旨在市场封锁和地方保护的政策措施。
（2）主要特征
此阶段，我国农产品品种极大丰富，20世纪80年代末，我国市场上的果蔬品种只有30多种，而此时百姓家中常吃的品种已经达到70多种，批发市场上销售的品种则已超过1000种。专业型批发市场开始从综合类批发市场中分离出来，形成了综合市场和专业市场共同发展的市场结构。在本阶段的中、后期，我国农产品批发市场已基本形成了以大中城市为核心、遍布城乡、多层次、多门类的市场体系。批发市场也开始强化管理，欺行霸市、囤积居奇的现象得到了有效遏制，同时，全国农产品批发市场的数量也开始逐步回落，2001年市场数量4351个比2000年4532个减少181个，首次在市场数量上呈负增长。
5.第五阶段：质的提升阶段（2002年至今）
（1）背景
加入WTO以后，农产品市场逐步对外开放，国家对农业产业化的扶持开始关注农产品流通问题。从2002年开始，农产品批发市场“国债项目”（2003—2008）、“标准化市场工程”、“三绿工程”、“双百市场工程”、“升级拓展5520工程”等先后启动；2003年，国家标准化委员会颁布了《农副产品绿色批发市场》、《农副产品绿色零售市场》，2004年颁布了《农产品批发市场管理技术规范》，这些国家标准的颁布和实施，填补了我国农产品流通领域内国家标准的空白；商务部2008年颁布了《农产品批发市场食品安全操作规范》，推动了农产品批发市场的规范化、法制化进程。
（2）主要特征
此阶段，我国的批发市场从量的扩张阶段发展到质的提升阶段，也从此阶段开始，我国各地的农产品批发市场开始了全面的升级改造。
（二）我国农产品批发市场经历三次升级改造
经过五个阶段的发展，我国农产品批发市场早已成为农产品流通的主渠道，在保障城市农产品供应、稳定市场价格、丰富居民“菜篮子”品种等方面都发挥着重要的作用。但由于投资体系、运营管理体系不同，农产品批发市场的建设水平差异较大，基础设施等方面也参差不齐，自全国农产品批发市场体系形成之后，多数批发市场都始终存在着升级改造的强烈需求。总体来看，从进入“质的提升”阶段之后，我国农产品批发市场已经完成了第一次和第二次升级改造，2009年刚刚启动的是我国农产品批发市场的第三次升级改造。
1.第一次升级改造（2002—2005年）
（1）升级改造的动因
经过二十多年的发展，我国农产品批发市场的数量已经有了较大的增长，但在数量扩张的同时却忽略了质的提升。加入WTO以后，随着市场的全面对外开放，全球经济一体化进程客观上要求农产品批发市场进一步规范化、制度化和法制化，并在各方面实现“质”的提升。2002年12月，国家计委等6部委印发了《关于加快农产品流通设施建设的若干意见的通知》（计经贸[2002]2668号），明确了我国农产品流通设施建设的原则、重点以及政策措施；2003年，国家发展和改革委员会办公厅下发了《关于印发全国重点农产品批发市场信息系统和检验检测系统技术方案（试行）的通知》（发改办经贸[2003]737号文件），计划安排国债资金4亿元，主要支持全国重点农产品批发市场的升级改造。
（2）升级改造的主要内容
这一阶段升级改造的主要内容是支持全国重点农产品批发市场建设检验检测系统，配备农产品质量检测仪器；建设信息系统，完善市场电子信息发布平台；帮助批发市场提升冷链仓储能力，建设冷库；2002年，随着“三绿工程”的实施，全国的“菜篮子”卫生质量安全检测体系进一步加强，构筑起多道食品安全防线，推动了我国农产品批发市场开始把食品质量安全管理也作为升级改造的内容之一。
（3）升级改造的成效
在第一次升级改造的主体内容确定之后，各地农产品批发市场开始投入精力改造落后的硬件设施，积极提升低下的管理水平。同时，农产品批发市场着力在食品安全方面加强控制，纷纷购置农药残留检测设备；加强信息化管理，开始建立市场自己的网站，定时发布市场相关信息，并指导批发商上网，帮助批发商拓宽信息渠道；规划建设冷库设施，提升市场的冷链仓储能力。
2003年以来中国连续六年安排专项国债资金共19亿元，扶持全国550家骨干农产品批发市场信息和质量检测系统建设，取得了显著成效。被扶持的骨干农产品批发市场，基本都建立了以电子统一结算为基础的农产品批发市场信息系统，实现了传统批发市场经营管理的信息化，形成了全国骨干农产品批发市场网络，完善了农产品现代化流通体系，并带动300亿元社会资金投入到市场建设，进一步为市场的升级改造提供资金支持；交易额在5亿元以上的农产品批发市场，普遍配备了农药残留快速检测设备。
2、第二次升级改造（2005—2008年）
（1）升级改造的动因
随着整个社会信息化水平、食品安全意识的大幅提高，尤其是我国开始进入WTO的后过渡期，市场流通领域的批发、零售业务将全面对外资开放。而我国农产品批发市场在信息发布、交易手段、食品安全检测等方面都比较落后，只有强化批发市场自身基础建设，才能有效应对国际贸易格局变化，才能满足社会大流通、大循环的需要。因此，农产品批发市场开始了第二次升级改造。
为了扶持我国农产品批发市场建设，2005年4月30日，商务部、农业部、国家税务总局、国家标准委联合发布《关于开展农产品批发市场标准化工作的通知》，要求多部门联合推动农产品批发市场的改造、规范和升级，用3年左右的时间培育2000个标准化、规范化管理的农产品批发市场；为进一步推进标准化市场建设，2006年商务部、财政部共同下发了《关于做好2006年度农产品现代流通体系建设资金管理工作的通知》（商财发[2006]336号），提出财政部分三年拨付扶持资金9亿元，重点改造100家农产品批发市场和100家大型农产品流通企业，在资金和政策上支持农产品批发市场建设检测、信息、结算、监控、废弃物及污水处理等五大中心；2006年，国家发改委统一部署了“农产品批发市场专项国债资金投资计划”，选择各地区交易规模大、辐射范围广、管理水平高、建设资金落实且前期工作较好的骨干农产品批发市场，提供专项资金建立和完善市场信息采集发布网络和检验检测网络，以提高骨干农产品批发市场的交易规模和档次。
（2）升级改造的内容
2004年8月，国家质量监督检验检疫总局、国家标准化委员会共同发布的《农产品批发市场管理技术规范（GB/T19575-2004）》，其中规定了农产品批发市场的经营环境、经营设施设备和经营管理的技术要求。第二次升级改造的内容主要是依据此标准，对100家农产品批发市场的检测中心、信息中心、结算中心、安全监控中心、废弃物处理等五个中心，以及冷链系统、产品质量可追溯两大系统的建设给予指导和财政支持。
（3）升级改造的成效
在各项优惠政策及专项资金的大力扶持下，第二次升级改造取得了明显的效果。据统计，2006年“双百市场工程”带动地方和企业投资100亿元，其中贷款45亿元。100家大型农产品批发市场交易总额超过3000亿元，占全国亿元以上农产品市场交易总额的1/3以上，累计带动新增就业81万人，其中直接就业人数为20万人。2008年交易额在4亿元以上的农产品批发市场，普遍建立了检测实验室，提升了食用农产品质量检测的能力；多数建立了农产品储存库，实现了农产品损耗率的大幅降低；安装了市场安全监控中心，安全事故也大大减少；普遍建立了信息中心，专门对批发商进行上网培训等等。截至2009年上半年，全国已有270多家批发市场规范了信息、结算、安全监控、检测、废弃物处理五大中心的建设，批发市场交易效率和服务水平大幅提升。
3、第三次升级改造（2009年开始）
（1）升级改造的动因
经过前两次的升级改造，我国批发市场在硬件设施方面有了较大的提升，但从全国4400多家批发市场的整体情况来看，已建项目在市场功能、管理水平、经营方式以及食品安全等多个方面与预期目标仍相距甚远。一些地方批发市场开展建设，没有从市场经营发展的角度进行可行性分析，也缺乏专业指导，项目虽然建成了，但由于管理制度、规模、交易习惯的落后，限制了服务功能的发挥。
自2008年下半年开始，国际金融危机持续蔓延，世界经济增长明显减速，对我国经济的负面影响日益加深，国家及时调整宏观经济政策，果断实施积极的财政政策和适度宽松的货币政策，形成了进一步扩大内需、促进经济增长的一揽子计划。2008年12月30日，国务院办公厅发布了《国务院办公厅关于搞活流通扩大消费的意见》，指出继续实施“双百”市场工程和农产品批发市场升级改造工程，在重点销区和产区再新建或改造一批农产品批发市场和农贸市场，加强冷藏保鲜、卫生、质量安全可追溯、检验检测、物流等设施建设；《中共中央国务院关于2009年促进农业稳定发展农民持续增收的若干意见》，提出“加大力度支持重点产区和集散地农产品批发市场、集贸市场等流通基础设施建设，推进大型粮食物流节点、农产品冷链系统和生鲜农产品配送中心建设。”2009年2月，财政部、商务部共同下发《关于做好支持搞活流通扩大消费有关资金管理的通知》，2009年中央财政增加农村物流服务体系发展专项资金和促进服务业发展专项资金，采取以奖代补和贴息方式，调动地方和社会投入积极性，支持农村流通体系和城市服务体系发展；2009年6月，商务部、财政部发出《关于加快农产品流通网络建设推进“双百市场工程”的通知》等等，这些支持政策的发布对我国各级政府、企业开展新一轮批发市场升级改造工作起到了极大的支持和鼓舞作用。
（2）升级改造的主要内容
第三次升级改造与前两次有本质的区别，注重在整体规划和布局上加大力度，侧重完善农产品供应链、规范农产品流通体系等。主要在政策和资金上支持大型鲜活农产品批发市场对冷链系统、质量安全可追溯系统、安全监控、废弃物处理系统等准公益性设施以及交易厅棚、仓储物流、加工配送、分拣包装等经营性设施建设和改造。
（三）我国农产品批发市场政策监管的历程
1.管理摸索阶段（1978—1990年）
（1）监管部门
工商局单一部门负责监督和管理农产品市场。
（2）出台政策法规文件
1983年国务院文件下发《城乡集市贸易管理办法》。
（3）监管办法
市场管办合一，工商部门主要监管市场的管理和合同管理，同时又负责开办市场。
（4）管理优点和弊端
优点：权力集中，协调容易，系统内部容易互相借鉴，到1990年各主要城市基本都建立了农产品市场，1990年发展到1340个。
弊端：工商部门既办市场又监管市场，既是球员又是裁判员。一方面，由于工商部门承担着管理、指导、监督、执法等多重责任，推动农产品市场建设的动力受行政工作的影响难免不足；另一方面，农产品市场建设中存在的问题也难以客观的反映出来，市场的自主发展、经营机制以及扩大贸易的愿望都被行政式的管理机制所抑制了。这一阶段，工商部门对农产品市场的管理和监督工作缺乏也行之有效的办法，此外工商部门人力财力都不够，执法体系不健全，市场监管落实往往不到位。
2、多部门分块管理阶段（1991-2003年）
（1）监管部门
工商部门负责农产品批发市场的监督、执法。国内贸易部、全国供销合作总社、农业部等多部门分别管理和指导各部门系统内的农产品批发市场。
（2）出台政策法规文件
1991年10月28日发布的《国务院关于进一步搞活农产品流通的通知》。国内贸易部1994年制定颁布了《批发市场管理办法》；国家工商总局1996年制定颁布了《租赁柜台经营活动管理办法》；同期修订颁布了《城乡集市贸易管理办法》；全国供销合作总社1998年制定颁布了《供销合作社批发市场管理办法》；农业部制定2002年颁布了《全国“菜篮子工程”定点鲜活农产品中心批发市场管理办法》；农业部、国家工商总局2003年制定颁布了《水产品批发市场管理办法》。
（3）监管办法
逐步减少场外交易。农产品批发市场实行统一的交易规则，市场的管理者不得参与市场交易。
国家工商总局、国内贸易部、全国供销总社、农业部等多部门分别出台了针对农产品批发市场的管理办法，分头管理各自系统内的批发市场。国家粮食行政管理部门负责粮食流通的行政管理、行业指导，监督有关粮食流通的法律、法规、政策及各项规章制度的执行；渔业行政主管部门对水产品批发市场实施行业指导和管理；工商行政主管部门负责农产品批发市场注册、租赁、交易行为的监督管理。产品质量监督、卫生、价格等部门在各自的职责范围内负责与农产品流通的有关工作。