在清王朝建立的过程中，清朝统治者收编了许多投降的明朝将领及其所属的军队，并利用这些将领和军队平定、镇守南方，以弥补自己军队的不足。这些降将中，为清朝出力最大的是吴三桂、尚可喜、耿仲明，而且都受封为王。清政权基本稳固后，以满族人为主的清八旗主力驻守北方，南方则主要由原明朝降将驻守，其中平西王吴三桂镇守云南，平南王尚可喜镇守广东，靖南王耿精忠（耿仲明之孙）镇守福建，史称“三藩”。他们手握重兵，势力强大，割据一方，被清朝统治者视为心腹之患，既不放心，又不敢轻易解除他们的兵权。清朝康熙皇帝爱新觉罗·玄烨亲政后，决心尽快解决这个问题。
清康熙十二年（1673年），尚可喜请求告老返回辽东，让其子尚之孝留镇广东。康熙帝即借此机会命其父子率其属下一同撤回。吴三桂、耿精忠闻讯后，为试探朝廷对他们的态度，也上书请求撤藩。康熙帝不顾多数人的反对，毅然允准。
吴三桂见康熙帝已决心剥夺“三藩”的兵权，即于同年11月21日发动叛乱，打起复明的旗号，自命为天下都招讨兵马大元帅，并指挥叛军进入湖南。此后几年里，广西将军孙延龄、提督王雄等在广西，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟等在四川，靖南王耿精忠在福建，陕西提都王辅臣在西北，尚可喜的另一子尚之信在广东，纷纷发动叛乱，响应吴三桂。叛乱遍及西南地区、东南沿海以及中原、西北等地，绵延十几个省。
为了镇压叛乱，康熙帝在政治上区别对待，剥夺了吴三桂的王爵，杀死在北京作为人质的吴三桂之子吴梦熊及其家属；暂时停撤耿、尚二藩，以示招抚。在军事上，派大军分三个方向进剿，中间围攻湖南，集中打击吴三桂；在东、西两线，分别平定江西、浙江和陕西、甘肃、四川的叛乱，把各地的叛军分割开，使之不能互相配合。
在湖南战场上，清顺承郡王勒尔锦率劲旅在湖北的荆江阻止吴军渡长江北上，清安亲王岳乐取道安徽、江西进入湖南，出其不意地攻占萍乡，威胁长沙，迫使吴三桂回兵增援长沙，放弃西进计划。此时，防守荆江、武昌的清军，趁吴三桂的主力转向长沙之机，渡江南进，袭击常德、岳州。不久，清军收复江西吉安。吴三桂从此陷于被动。
与此同时，清军向其他各路叛军发动进攻。到康熙十六年（1677年），陕西的王辅臣、福建的耿精忠、广东的尚之信，先后投降清军。这样，清军便可集中更强大的兵力对付湖南的吴三桂。
在清军强大的军事攻势和政治劝降的打击下，吴三桂叛军士气日渐低落。为挽回败局，清康熙十七年（1678年）三月，吴三桂在湖南衡州称帝，国号大周。但数月后，吴三桂即病死，由其孙吴世继位。清军趁机发动攻势，派水师进入洞庭湖，断绝岳州叛军的粮饷，迫其逃走。随后，叛军先后退出长沙、衡州。康熙十八年（1679年），清军收复湖南。康熙十九年（1680年），收复四川。康熙二十年（1681年），收复贵州。同年2月，清军进入吴三桂的老巢云南，进攻昆明。10月，被围困数月的昆明城内粮食已尽，守城将领开门迎降，吴世自杀而死。这样，历时8年、波及半个中国的“三藩之乱”，终于被平定。
“三藩之乱”平定后，清政府将“三藩”所属部队编入八旗，原来“三藩”享有的特殊权力均被收回，各地的汉族文武官员受到严格控制。因此，平定“三藩之乱”标志着清王朝在关内最终确立起统一、稳定的统治。
康熙（1654—1722年），清圣祖玄烨，清入关后第二代皇帝，即爱新觉罗·玄烨。世祖三子。1661—1722年在位，是历史上在位时间最长的皇帝。8岁即位，年号康熙。亲政后，智捕鳌拜，永停圈地，出旗为民，发展生产，加强皇权，平定三藩，平噶尔丹，驱逐沙俄，巩固一统。精于儒学，对算学、水利、测量亦多造诣。设馆纂修《明史》《古今图书集成》《康熙字典》等。