（1）实行综合计算工时工作制职工的工资支付问题。《工资支付暂行规定》对此有专门规定，经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。如果职工是以月为周期综合计算工作时间，其工作时间在一个月以外的应支付职工加班工资。
（2）以月为周期综合计算工时工作制的职工，在一个综合计算工时的周期内。《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》也做出了相关规定，实行综合计算工时工作制的企业职工，工作日正好是周休息日的，属于正常工作；工作日正好是法定节假日时，要依照《劳动法》第四十四条第三款“法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的300％的工资报酬”的规定支付职工的工资报酬。
按照上述规定，职工在综合计算工时工作制的一个周期内，休息日和法定节假日的待遇是不同的，两者有所区别，不能一概而论。休息日属于正常工作，因而不应计发加班工资，而法定节假日则应按《劳动法》的规定计算加班工资。