职工不愿加班不能被扣发工资。
根据《国务院关于修改〈国务院关于职工工作时间的规定〉的决定》，职工每日工作8小时，每周工作40小时。《劳动法》第四十一条规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。
用人单位需要职工加班，应与职工协商并征得工会的同意，若职工不愿加班，用人单位不能强迫，更不能以职工不愿加班为由扣发职工的工资。
有些用人单位由于生产经营特点，在一定的时间确实需要职工加班，否则就影响单位完成生产任务的，经职工同意，应就加班问题在劳动合同或集体合同中进行约定，以免为此发生劳动纠纷。
有些用人单位如果是由于劳动定额不合理或定员不够，职工在正常工作时间内完不成任务，经常需要加班的，说明该单位的劳动定员定额不合理，需要对其劳动定员定额进行调整。